Question

It is two months since he was in Beijing是什么意思？是他离开北京2个月了还是待在北京2个月了？

Answer 1

是他离开北京2个月了。
如果说It is two months since he arrived in Beijing.那就是“他待在北京2个月了”的意思。
since…这句话一说出来就有“……之后”的意思（不管“既然”的意思）。
since he arrived in Beijing意思是“他到北京之后”，就是说他待了两个月。
since he was in Beijing：这其中的was表示一种状态，可以理解为一个时间点，意思是“他在北京（待过）之后”，也就是他离开北京已经两个月了。

Answer 2

是离开北京2个月了

since是自从“某个动作或时间”以来到现在的意思。 但如果是“某个动作”的话，从动作结束算到现在。

Are you clear?

Answer 3

他在北京呆了两个月吧