学习生物信息学,需要配置怎样的电脑呢?
首先的问题的是,我们需要什么样的计算机。
关于硬件:
需要至少4G内存,最好可以达到16G以上内存;
至少500G硬盘空间。通常一个RNA-seq的数据量为20G左右,如果再加上分析之后的结果,可能达到50G,所以即使你有500G的空间,也分析不了几组数据。所以硬盘空间越多越好,比如说2TB或者使用高速网络存贮界质。
CPU,至少2核。因为你在运行程序时,通常100%占到CPU,如果没有2核,计算机多半会假死在那里。如果有8核,或者以上更好。
GPU,很多程序开始使用GPU运算,如果能有好的GPU显卡,也是推荐的,但不是必须的。
为了达到以上的条件,入门极的比如说Mac Pro。进阶级的就是独立server,高级的是supercomputer clusters,支持qsub之类的。或者可以购买云计算服务。
对于操作系统,在工作站方面,推荐Mac OS。它运行稳定,与LINUX同源。需要下载安装Xcode和wget就可以了。当然你还可以很方便的安装office办公软件,以及photoshop,AI等工具。最后安装好R/Bioconductor,就可以开始工作了。如果买了兼容机,可以安装上Linux/UNIX系统。它在安装上R/Bioconductor之后基本上就可以了。它的缺点是办公软件,绘图软件的安装。最差的就是Windows了。需要安装比如GCC编译器,make工具,mingw64, perl, zip/unzip, tar, wget, ghostscript等等。
有了软件及硬件,接下来的工作就是了解一些常识以武装你的大脑,这是整个运行环境中最重要的一环。首先,你需要学习了掌握UNIX常用命令,并且不反感字符界面。其次学会安装,设置及构建网络服务,比如apache的websever,以及mysql的数据库服务。第三安装及设置一个Galaxy。当然,第二步及第三步可能会有难度,可以先使用Galaxy本身的服务,但是它有很多限制,所以最好还是自己安装一个比较好。第四步,学习一门计算机语言,比如c, python, ruby, java等,还有一门脚本式语言工具,比如perl。第五步,学习使用R/Bioconductor。第六步,统计学。
至此,你的NGS分析环境就设置完成了。如果快的话,你可以两三个月就设置完成,达到起步的阶段,之后就是漫长的学习过程。慢的话,四年本科也不一定学到多少。
其实配电脑这个事情还是要看自己的需求。比如有做高通量测序数据的需求,而且又没有服务器,可能就会要求电脑配置高一些。
比如是想要便捷性,而且同时保证一定的性能,那么MAC就不错。
如果只是想写写代码,那么什么电脑都可以。
电脑的配置就这样。
如果是考虑编程语言方面的话,无论Python或Perl,还是统计用的R,再者C或C++,其实这些对电脑配置要求都不会太高,市面上能买到的电脑绝大部分都能适配(如果这些东西都适配不了那这台电脑产出来何用(๑˙ー˙๑))
如果是搞研究要用Deep Learning或者是要用计算机图形学啥的做效果,会对电脑硬件要求会高些,CPU,GPU啥的
最后再提下操作系统,个人首推linux,其他回答的Mac我表示没试过_(:з」∠)_其实我自用的是windows系统作日常用,装了vmware的linux镜像,用linux系统是因为linux用于处理数据会比较方便,btw,linux有一个发行版biolinux可以说是专为生信的研究开发的,可以试试。
配置建议
(1)处理器:i5-5200U以上,例如i5-6300HQ(高压版性能高,但多用于游戏本)、i5-7500U(建议)。
(2)显卡:GT系列以上,例如GT920MX、GT930MX、GT940MX(建议),更高性能的有GTX940M、GTX950M等。
(3)内存:4G DDR4 2133MHz(建议)。
(4)硬盘:1T 机械硬盘(HDD)(建议),有条件的可以搭配128G固态硬盘(SSD),有助于提升系统流畅度。
价格建议
这类笔记本通常价格在3299到5999元,属于商务本、轻薄本。
型号建议
联想小新、华硕顽石、惠普畅游人、三星(4299元以内)。
其余像宏基、神舟这些二线品牌就不推荐了。
配置建议
(1)处理器:i5-5200U以上,例如i5-6300HQ(高压版性能高,但多用于游戏本)、i5-7500U(建议)。
(2)显卡:GT系列以上,例如GT920MX、GT930MX、GT940MX(建议),更高性能的有GTX940M、GTX950M等。
(3)内存:4G DDR4 2133MHz(建议)。
(4)硬盘:1T 机械硬盘(HDD)(建议),有条件的可以搭配128G固态硬盘(SSD),有助于提升系统流畅度。
价格建议
这类笔记本通常价格在3299到5999元,属于商务本、轻薄本。
型号建议
联想小新、华硕顽石、惠普畅游人、三星(4299元以内)。
其余像宏基、神舟这些二线品牌就不推荐了。