额济纳旗距离内蒙古首府呼和浩特最近。
呼和浩特境内主要分为两大地貌单元,即北部大青山和东南部蛮汉山为山地地形。南部及西南部为土默川平原地形。地势由北东向南西逐渐倾斜。
海拔最高点在大青山金銮殿顶部,高度为2280米,最低点在托克托县中滩乡,高度为986米,市区海拔高度为1040米。大青山为阴山山脉中段,生成很多纵向的山脉山峰。境内,由西向东主要山峰有九峰山、金蜜殿山、蟠龙山、虎头山等,东南部是蛮汉山。
呼和浩特属典型的蒙古高原大陆性气候,四季气候变化明显,年温差大,日温差也大。其特点:春季干燥多风,冷暖变化剧烈;夏季短暂、炎热、少雨;秋季降温迅速,常有霜冻;冬季漫长、严寒、少雪。