Question

生物信息学问题：构建进化树时。建立碱基替代模型是什么意思，干嘛的

我看到构建进化树会有序列比对、碱基替代模型、构树方法（简约、极大似然等等）的步骤。其中建立碱基替代模型是干嘛的？
但愿有生物信息大牛看到此问题，并解决小弟的疑惑。。。

Answer 1

碱基替代实际上是一种模型，就是描述4种碱基间的发生突变替代的概率情况。
有不同的模式，1参数模型：4种碱基间变化概率都一样 A->T 0.25, T->C 0.25, G-A 0.25, ....
，4参数模型，6参数模型等,c常见的分析GTR + I + model (a General Time Reversible model with a proportion of invariable sites and a gamma-shaped distribution of rates across
sites). 上述模型仅适合分析基因序列。
用蛋白序列的需要用其他模型。
分析几个同源基因的变化可以画个简单的树，用NJ方法就行，但是如果要研究家族功能，进化等，需要用极大似然基于统计模型的方法。