主要区别是，性质不同、形态特征不同、生长环境不同，具体如下：
一、性质不同
1、蕈菌
蕈菌，别称担子菌、伞菌。属于真菌界的子囊菌亚门和担子菌亚门，其中大多数都属于担子菌亚门。包括常见的双孢蘑菇、木耳、香菇、灵芝等。
2、蘑菇
蘑菇称为双孢蘑菇，又叫白蘑菇、洋蘑菇，隶属于真菌界的担子菌门、伞菌亚门。是世界上人工栽培较广泛、产量较高、消费量较大的食用菌品种。
二、形态特征不同
1、蕈菌
蕈菌的最大特征是形成形状、大小、颜色各异的大型肉质子实体。典型的蕈菌，其子实体是由顶部的菌盖（包括表皮、菌肉和菌褶）、中部的菌柄（常有菌环和菌托）和基部的菌丝体三部分组成。子实体是食用菌产生有性孢子的繁殖器官，也叫担子果 （子囊菌则称子囊果）。 典型伞菌的子实体，是由菌柄、菌盖、菌褶等部分组成的。
2、蘑菇
双孢蘑菇子实体中等大，菌盖初半球形，后平展，白色，光滑，略干渐变黄色，边缘初期内卷。菌肉白色，厚，伤后略变淡红色，具蘑菇特有的气味。菌褶初粉红色，后变褐色至黑褐色，密，窄，离生，不等长，菌柄白色，光滑，具丝光，近圆柱形，内部松软或中实，菌环单层，白色，膜质，生菌柄中部，易脱落。
三、生长环境不同
1、蕈菌
蕈菌在山区森林中生长的木生菌种类和数量较多，如香菇、木耳、银耳、猴头、松口蘑、红菇和牛肝菌等。在田头、路边、草原和草堆上粪、草生菌，有草菇、口蘑等。南方生长较多的是高温结实性真菌；高山地区、北方寒冷地带生长较多的则是低温结实性真菌。
2、蘑菇
蘑菇是一种室内种植的食用菌，从菌丝体逐渐生长成子实体，最终成为食用菌，在适合的环境中才能更好更快地生长。蘑菇属于腐生真菌中的一种，其体内并没有叶绿素的存在，因此不能直接在光照下进行光合作用。蘑菇生长过程中，主要是将培养料中的各类营养物质作为营养来源，从而实现生长发育。培养料一般由猪粪、牛粪以及磷肥、等各类物质组成 。
参考资料来源：百度百科-蕈菌
参考资料来源：百度百科-蘑菇
参考资料来源：百度百科-双孢蘑菇
蕈菌
(1) 高等菌类，组成真菌门的成员。生长在树林里或草地上。由帽状的菌盖和杆状的菌杆构成。菌盖能产生孢子,是繁殖器官。其种类很多,有的可食用,如香菇;有的有毒。如:毒蝇蕈
(2) 一种食用真菌;尤指蘑菇
简单介绍一下：
蕈菌是指能形成大型的子实体或菌核组织的高等真菌类的总称。近20年来已为大多数专业人士认同。蕈菌的生长在基质上或地下的子实体的大小足以让肉眼辨识和徒手采摘。
依上述定义，现存蕈菌大概有140 000种，然而迄今已辨识的只有15 000种左右（约占估计总量的10%）。蕈菌生产和消费居于世界领先地位的中国，估计有1 500～2 000种可食蕈菌，已辨识的981种。到2002年，已经驯化92种，60种进行了商业规模的栽培。
他们大多数属于担子菌类；极少数属子囊菌类。从外表来看，蕈菌不像微生物，因此过去一直是植物学的研究对象，但从其进化历史、细胞构造、早期发育特点、各种生物学特性和研究方法等多方面来考察，都可证明它们与其他典型的微生物——显微真菌却完全一致。事实上，若将其大型子实体理解为一般真菌菌落在陆生条件下的特化与高度发展形式，则蕈菌就与其他真菌无异了
自然分布
在山区森林中生长的木生菌种类和数量较多，如香菇、木耳、银耳、猴头、松口蘑、红菇和牛肝菌等。在田头、路边、草原和草堆上粪、草生菌，有草菇、口蘑等。南方生长较多的是高温结实性真菌；高山地区、北方寒冷地带生长较多的则是低温结实性真菌。
蕈菌可分为食用、药用、毒菌等几类。它们与人类的关系密切，其中可供食用的种类就有2000多种，21世纪，可已利用的食用菌约有400种，其中约50种已能进行人工栽培，如常见的双孢蘑菇、木耳、银耳、香菇、平菇、草菇、金针菇和竹荪等；新品种有杏鲍菇、珍香红菇、柳松菇、茶树菇、阿魏菇和真姬菇等；还有许多种可供药用，例如灵芝、云芝和猴头等；少数有毒或引起木材朽烂的种类则对人类有害。
