双荧光素酶报告基因系统promega 多少钱
2个回答
2017-03-11
展开全部
免疫沉淀
当然,确定miRNA与mRNA之间的互作,我们还有更直接的方法,那就是从实验上寻找物理相互作用。我们可以利用RNA诱导沉默复合物(RISC)中的Argonaut(AGO)蛋白的抗体进行免疫共沉淀(co-IP)。生物通
目前更先进的方法是通过紫外线照射以交联复合物,然后开展深度测序以鉴定发现的RNA,这种方法被称为紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(HITS-CLIP),或CLIP-seq。利用这种方法来寻找miRNA的靶基因,能够明显降低miRNA结合位点的假阳性预测率,并且缩小miRNA结合位点的空间范围,可在全基因组范围内鉴定AGO蛋白与不同RNA上的结合。现在有多家公司提供CLIP-seq服务,如锐博生物。
Clontech公司(Takara旗下)也推出了一种新工具,能协助鉴定细胞中的miRNA靶点。这一工具名为MirTrap系统。它利用RISC蛋白的显性失活突变体,允许miRNA与其目标结合,但限制进一步的加工。此亚基整合到内源的Argonaute/RISC复合物中,并“锁定”miRNA-目标mRNA。显性失活亚基上的DYKDDDDK(FLAG表位)标签有助于整个Ago/RISC复合物的捕获和分离。这样就能实现miRNA及其目标的免疫沉淀,从而通过新一代测序或定量PCR来鉴定或定量。生物通
整个过程大致如下:
1. 创建miRNA模拟物。生物通
2. 将这些miRNA模拟物和pMirTrap载体共转染到哺乳动物细胞,并孵育24小时。同时利用miR-132、pMirTrap载体和pMirTrap对照载体开展对照转染。
3. 利用附带的MirTrap分离试剂盒裂解转染后的细胞培养物。生物通
4. 利用分离试剂盒中的磁珠对RISC复合物(其中包括靶标mRNA)进行免疫沉淀。
5. 利用附带的NucleoSpin RNA XS试剂盒分离与磁珠结合的靶标mRNA。
6. 通过qPCR或新一代测序分析分离出的RNA,鉴定出特定miRNA的靶标mRNA。
Sigma-Aldrich的MISSION Target ID cDNA文库让研究人员能够在实验室内开展全转录组范围的miRNA和ncRNA靶基因鉴定。它是个全转录组范围的cDNA文库。在文库转染和选择之后,细胞被已知miRNA转染。对于那些包含与miRNA相互作用的cDNA的细胞,它们将生存到第二轮。那些选择出的cDNA可通过测序来鉴定。这样,研究人员只需投入很少,就能实现大范围的筛选。
靶基因的验证
预测终归是预测,miRNA的靶基因还必须经过验证。这个过程与一开始寻找靶基因的过程相似,也就是抑制或过表达miRNA,然后检查mRNA或蛋白水平的反应。生物通
目前最常用的方法是荧光素酶报告基因法。首先,构建荧光素酶表达载体,将希望鉴定的miRNA靶基因的3’UTR插入荧光素酶基因的3’UTR中,然后将构建好的重组载体转染到细胞中,并改变miRNA的表达水平,最后检测荧光素酶的表达情况,以分析3’UTR中是否含有miRNA的靶位点。
目前有多家公司提供荧光素酶报告载体或构建服务。Promega就提供pmirGLO双荧光素酶表达载体。它采用萤火虫荧光素酶和海肾荧光素酶这两种报告基因,其中萤火虫荧光素酶(luc2)作为主要报告基因,其表达减少意味着内源性的或外源引入的miRNA 与克隆的miRNA 的靶序列发生了结合;海肾荧光素酶/新霉素基因(hRluc-neo)作为对照报告基因,既能实现归一化处理,又能筛选稳定转染的细胞系。这样就以一个载体实现了以往两个载体的功能。
就目前而言,预测和鉴定miRNA靶基因的方法虽然不少,但仍然没有一种常规方法。随着计算机算法的不断改进和生物学技术的快速发展,这种现状有望改变。让我们拭目以待吧。
展开全部
只能先就标题的问题谈谈我的认识.后面的追问我了解得也不全面.
1.两者的结果检测方法不同.gfp绿色荧光蛋白,很直观,能够直接检到荧光,在普通的细胞培养条件下都能够观察到,对细胞的生命活动和其他并行的实验安排影响很小.荧光素酶报告基因使用起来比gfp多一个步骤,因为荧光素酶是个酶,不发荧光,发荧光的是它的底物,荧光素.荧光素在细胞里(要说萤火虫细胞我就不知道了哦)是没有的.所以检测荧光素酶的通常步骤是裂解细胞,释放荧光素酶,与荧光素及其他所需化学物质混合,才得到荧光.现在虽然也有活细胞内检测荧光素酶的手段,但要将荧光素送入活细胞,本身就已要对细胞进行相当的干扰.所以一般来说荧光素酶实验的同一批细胞不适合再做其他并行实验.
2.两者的结果含义不同.gfp如果说是定量检测表达蛋白的话,这个定量只能够指,表达的细胞是多少个,不表达的细胞是多少个.gfp对于单个细胞来说,就有阳性和阴性两种结果罢了.gfp不能够定量地告诉你,这个/群细胞里的表达量是多高还是多低.荧光素酶就能够定量地得到表达量/表达水平的数值,但这个数值是相对于一群细胞来说,而不是对于单个细胞.所以荧光素酶常常用来研究启动子的功能与调控,因为启动子对基因表达的调控可以是渐变的,而不是简单的开和关两种状态.
1.两者的结果检测方法不同.gfp绿色荧光蛋白,很直观,能够直接检到荧光,在普通的细胞培养条件下都能够观察到,对细胞的生命活动和其他并行的实验安排影响很小.荧光素酶报告基因使用起来比gfp多一个步骤,因为荧光素酶是个酶,不发荧光,发荧光的是它的底物,荧光素.荧光素在细胞里(要说萤火虫细胞我就不知道了哦)是没有的.所以检测荧光素酶的通常步骤是裂解细胞,释放荧光素酶,与荧光素及其他所需化学物质混合,才得到荧光.现在虽然也有活细胞内检测荧光素酶的手段,但要将荧光素送入活细胞,本身就已要对细胞进行相当的干扰.所以一般来说荧光素酶实验的同一批细胞不适合再做其他并行实验.
2.两者的结果含义不同.gfp如果说是定量检测表达蛋白的话,这个定量只能够指,表达的细胞是多少个,不表达的细胞是多少个.gfp对于单个细胞来说,就有阳性和阴性两种结果罢了.gfp不能够定量地告诉你,这个/群细胞里的表达量是多高还是多低.荧光素酶就能够定量地得到表达量/表达水平的数值,但这个数值是相对于一群细胞来说,而不是对于单个细胞.所以荧光素酶常常用来研究启动子的功能与调控,因为启动子对基因表达的调控可以是渐变的,而不是简单的开和关两种状态.
已赞过
已踩过<
评论
收起
你对这个回答的评价是?
推荐律师服务:
若未解决您的问题,请您详细描述您的问题,通过百度律临进行免费专业咨询