故事开场紧接着第一集的结尾,“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校,隐姓埋名前往艾卡里湖(AkaliLake)工业中心;另一边,人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像;万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常,但是X战警们没有察觉到,在这个世界的黑暗深处,新的阴谋正在悄悄临近,包括富有正义感的X战警在内的变种人。在普通人眼中代表着社会新物种对旧人类的挑战与威胁,因此他们必须在充满歧视和敌意的环境里挣扎求存。金刚狼的身世也将在本集中进一步揭开。