一、两者征管税种不同：1、增值税；2、消费税；3、进口产品增值税；4、铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市维护建设税；5、中央企业所得税；二、管理的体制不同。
国税与地税，是指国家税务局系统和地方税务局系统，一般是指税务机关，而不是针对税种而言的。
国家税务局系统由国家税务总局垂直领导；省级地方税务局受省级人民政府和国家税务总局双重领导，省级以下地方税务局系统由省级地方税务机关垂直领导。因此，国家税务局系统和地方税务局系统分属国家不同的职能部门，一般是分开办公的，但是，也由一些地方的国家税务局系统和地方税务局系统是合署办公的。
我国现行税种共有24个，按照财政分税制的要求，将24个税种按照实际情况划分为中央税、中央与地方共享税、地方税三种。其中，中央税归中央所有，地方税归地方所有，中央与地方共享税分配后分别归中央与地方所有。
适应分税制的要求，全国税务机关分为国家税务局（简称国税）和地方税务局（简称地税），负责征收不同的税种。国税主要负责征收中央税、中央与地方共享税，地税主要负责征收地方税，他们之间的征收管理分工一般划分如下：
1、国税局系统：增值税，消费税，车辆购置税，铁道部门、各银行总行、各保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市建设维护税，中央企业缴纳的所得税，中央与地方所属企业、事业单位组成的联营企业、股份制企业缴纳的所得税，地方银行、非银行金融企业缴纳的所得税，海洋石油企业缴纳的所得税、资源税，外商投资企业和外国企业所得税，证券交易税（开征之前为对证券交易征收的印花税），个人所得税中对储蓄存款利息所得征收的部分，中央税的滞纳金、补税、罚款。
2、地税局系统：营业税、城市维护建设税（不包括上述由国家税务局系统负责征收管理的部分），地方国有企业、集体企业、私营企业缴纳的所得税、个人所得税（不包括对银行储蓄存款利息所得征收的部分），资源税，城镇土地使用税，耕地占用税，土地增值税，房产税，城市房地产税，车船使用税，车船使用牌照税，印花税，契税，屠宰税，筵席税，农业税、牧业税及其地方附加，地方税的滞纳金、补税、罚款。
为了加强税收征收管理，降低征收成本，避免工作交叉，简化征收手续，方便纳税人，在某些情况下，国家税务局和地方税务局可以相互委托对方代收某些税收。另外，对于特殊情况，国家税务总局会对某些税种的征收系统，做出特别的安排和调整。
因此，纳税人涉及具体税种应当向哪个税务系统缴纳问题时，还是应当以当地主管国家税务机关和地方税务机关的实际分工及其具体要求为准。
A、国税系统负责征收管理的税种
1、增值税；2、消费税、3、进口产品增值税、消费税、直接对台
贸易
调节税（海关代征）；4、铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市维护建设税；5、中央企业所得税；6地方银行和外资银行非银行金融企业所得税；7、海洋石油企业所得税、资源税；8、证券交易税；9、境内外商投资企业和外国企业的增值税、消费税、所得税；10、出口产品退税管理；11、集贸市场和个体户的增值税、消费税；12、中央税的滞补罚收入；13、按中央税、中央地方共享税附征的教育费附加。
B、地税系统负责征收管理的税种
1、营业税、2、个人所得税、3、土地增值税；4、城市维护建设税；5、车辆使用税；6、房产税；7、屠宰税；8、资源税；9、城镇土地使用税；10、固定资产投资方向调节税；11、地方企业所得税；12、印花税；13、筵席税；14、地方税的滞补罚收入；15、地方营业税附征的教育费附加。
C、相关补充：
根据《国家税务总局关于所得税收入分享体制改革后税收征管范围的通知》（国税发[2002]8号）规定的精神，对国家税务局、地方税务局的征收管理范围问题明确如下：
一、2001年12月31日前国家税务局、地方税务局征收管理的企业所得税、个人所得税（包括储蓄存款利息所得个人所得税），以及按现行规定征收管理的外商投资企业和外国企业所得税，仍由原征管机关征收管理，不作变动。
二、自2002年1月1日起，按国家工商行政管理总局的有关规定，在各级工商行政管理部门办理设立（开业）登记的企业，其企业所得税由国家税务局负责征收管理。（以下表述请在网站作重点显示）但下列办理设立（开业）登记的企业仍由地方税务局负责征收管理：
（一）两个以上企业合并设立一个新的企业，合并各方解散，但合并各方原均为地方税务局征收管理的；
（二）因分立而新设立的企业，但原企业由地方税务局负责征，收管理的；
（三）原缴纳企业所得税的事业单位改制为企业办理设立登记，但原事业单位由地方税务局负责征收管理的。
在工商行政管理部门办理变更登记的企业，其企业所得税仍由原征收机关负责征收管理。
三、自2002年1月1日起，在其他行政管理部门新登记注册、领取许可证的事业单位、社会团体、律师事务所、医院、学校等缴纳企业所得税的其他组织，其企业所得税由国家税务局负责征收管理。
四、2001年12月31日前已在工商行政管理部门和其他行政、管理部门登记注册，但未进行税务登记的企事业单位及其他组织、在2002年1月1日后进行税务登记的，其企业所得税按原规定的、征管范围，由国家税务局、地方税务局分别征收管理。
五、2001年底前的债转股企业、中央企事业单位参股的股份制企业和联营企业，仍由原征管机关征收管理，不再调整。
六、不实行所得税分享的铁路运输（包括广铁集团）、国家邮政、中国工商银行、中国农业银行、中国银行、中国建设银行、国家开发银行、中国农业发展银行、中国进出口银行以及海洋石油天然气企业，由国家税务局负责征收管理。
七、除储蓄存款利息所得以外的个人所得税（包括个人独资、合伙企业的个人所得税），仍由地方税务局负责征收管理。
