一、主体不同
1、双清：清除系统缓存和清除用户数据。
2、恢复出厂设置：恢复到出厂时的默认状态，如开始界面，待机方式，操作快捷键，定时提醒等功能恢复。
二、数据处理不同
1、双清：会将存储的数据删除。
2、恢复出厂设置：不会删除存储的数据。
三、特点不同
1、双清：是刷机前必须执行的操作，如果不执行很可能导致刷机失败或者系统不稳定。
2、恢复出厂设置：对铃声、主题、情景模式、闹钟、字体的一些设置恢复到出厂状态。不会删除在存储卡如下载的应用程序或者SIM卡如短信，等内容。
参考资料来源：百度百科-出厂设置
参考资料来源：百度百科-双清
