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漫画依据案件名称主要分成“File系列”、“Case系列”（新版）、“新系列”和“Short File系列”（短篇集）四个部分。日期为当初在《周刊少年》（周刊少年マガジン）杂志上的连载期间，以及单行本的收录集数或册数。 1992年至2000年期间，开始在《周刊少年Magazine》上连载“第一部”。自2004年8月起，开始不定期连载“第二部”。漫画主要分成上、下部和短篇集三个部分。第一部19个长篇故事，27册单行本。 2000年出版《新版金田一少年事件簿》（10册的单行本），共7个长篇故事。2004年时，又出了一个单独的故事《吸血鬼传说杀人事件》。2005年又出了《歌剧院第三杀人事件》，在2006年最近则推出了《狱门塾杀人事件》。2012年2月29日金田一少年事件簿20周年之际又重新启动全年连载，诞生了《食人研究所杀人事件》，《暗黑城杀人事件》，《香港九龙财宝杀人事件》等新的篇章……
File系列
1992年～1997年间连载。共19个事件，27册单行本。漫画开始并没有一个明确的主线，每个事件都是独立的。直至第15个事件“魔术列车杀人事件”中，天才罪犯“高远遥一”的出现，才使这个系列开始有了连结性 1、歌剧院杀人事件 2、异人馆村杀人事件 3、雪夜叉传说杀人事件 4、学园七个不可思议杀人事件 5、秘宝岛杀人事件 6、悲恋湖传说杀人事件 7、异人馆旅馆杀人事件 8、绞首学园杀人事件 9、飞弹机关宅邸杀人事件 10、金田一少年的杀人 11、塔罗山庄杀人事件 12、蜡像城杀人事件 13、怪盗绅士的杀人 14、墓场岛杀人事件 15、魔术列车杀人事件 16、黑死蝶杀人事件 17、法兰西银币杀人事件 18、魔神遗迹杀人事件 19、速水玲香诱拐杀人事件
Case系列
1998年～2000年间连载。共7个事件，10册单行本。从“File系列”中分开，这对读者来说有容易阅读的优点 1、魔犬森林杀人事件 2、银幕之杀人鬼 3、天草财宝传说杀人事件 4、雪影村杀人事件 5、露西亚人偶杀人事件 6、怪奇马戏团杀人事件 7、金田一少年的敢死之行 Short File系列 1997年～2000年间连载。共17个事件，6册单行本。大多都是在2～3次内就结束的短篇系列。有许多并不是杀人事件的故事。 01 冰点下15度的杀意 02 是谁杀了女神? 03 1/2的杀人者 04 圣诞夜杀人事件 05 镜迷宫杀人事件 06 金田一二三诱拐事件 07 金田一二三的冒险 08 消失在雪地里的赎金 09 底片里的不在场证明 10 杀人餐厅 11 染血之泳池杀人事件 12 亡灵学校杀人事件 13 瞬间消失之谜 14 妖刀毒蜂杀人事件 15 怪盗绅士的挑战书 16 凌晨04:40的枪声 17 女医师的诡异企图 新系列 2004年8月18日起，开始重新登场，采不定期连载。此“新系列”不延用过往单行本集数编号排序，改用册数为事件标准排序。 01 吸血鬼传说杀人事件 02 剧场馆第三次杀人事件 金田一少年之事件簿 03 狱门塾杀人事件 04 雪灵传说杀人事件 短篇 速水玲香与不速之客 05 不动高中校园祭杀人事件 06 血溜之间杀人事件 07 黑魔术杀人事件 08 剑持警部的杀人 番外篇1 跳水池的恶灵 番外篇2 露营场之“怪”事件 09 炼金术杀人事件 短篇 一万米高空的杀人 10 游戏馆杀人事件 11 食人研究所杀人事件（20周年新作，2012年连载启动） 12 暗黑城杀人事件 13香港九龙财宝杀人事件 超短篇 01 美雪和阿一的生活琐事 02 K M R 03 金田一少年之报酬 04 金田一少年之怪奇事件簿 05 美少女侦探 金田一二三 06 美少女侦探 金田一二三2 07 美少女侦探 金田一二三3 08 健悟的房间 09 明智警视优雅的早晨情景 漫画（次要系列） Akechi File系列（明智警视篇） 1997年～2000年间连载。共7个事件，2册单行本。特别以金田一的对手明智警视作为主角的系列。分别描绘明智高中生时代的《明智少年之华丽灿烂事件簿》（明智少年の华丽なる事件簿），及成为刑警之后的《明智警视之优雅犀利事件簿》（明智警视の优雅なる事件簿）。这个系列的标题，都有附加上英文副标题。 明智警视之优雅犀利事件簿 1 证词猜谜 The Murder Train 2 杀人扑克 Unlucky Men in the Rain 3 死者的将军棋 The Great Chess Player Akechi 4 幽灵饭店杀人事件 The Encounter 明智少年之华丽灿烂事件簿 1 明智少年之最初事件 Farewell, My Dear Friend 2 杀意四重奏 The Perfect Violinist Akechi 3 幽灵剑客杀人事件 The Pride Murder
TV动画版全目录
1～3话 学园七不思议杀人事件
4～6话 悲恋湖传说杀人事件
7～9话 蜡人形城杀人事件
10～12话 怪盗绅士的杀人
13～15话 悲报岛杀人事件（秘宝岛杀人事件）
16～17话 恶魔组曲杀人事件
18～20话 飞弹机关宅邸杀人事件
21～23话 歌剧院杀人事件
特别篇 死神病院杀人事件
24～27话 金田一少年的杀人
28～31话 幽灵客船杀人事件
32话 冰点下15度的杀意
33～36话 魔术列车杀人事件
37～39话 雪夜叉传说杀人事件
40～42话 塔罗山庄杀人事件
43～46话 黑死蝶杀人事件
47～50话 速水玲香诱拐杀人事件
51～54话 佛兰西银币杀人事件
55话 是谁杀了女神？
56～59话 魔神遗迹杀人事件
60～62话 墓场岛杀人事件
63话 明智警视之华丽推理
64～67话 鬼火岛杀人事件
68～69话 剑持警部的秘密（档案1为短篇集第二集收录【1/2的杀人者】，档案2为短篇集第一集所附短篇小说【共犯X】）
70～73话 异人馆旅馆杀人事件
74～77话 计算机山庄杀人事件
78～80话 神圣的西洋情人节杀人事件（短篇集第二集【圣诞夜杀人事件】改）
81话 金田一二三诱拐事件
82话 镜迷宫杀人事件
83话 明智警视之华丽推理2
84～87话 银幕之杀人鬼
88～89话 明智少年华丽的挑战
90～93话 上海鱼人传说杀人事件
94话 鹈饲村杀人事件（短篇集第四集【金田一二三的冒险】）
95～99话 天草财宝传说杀人事件
100话 真夏的恶梦（短篇集第三集所附短篇小说【金田一少年的恶梦】）
101～103话 雷祭杀人事件
104话 杀人餐厅
105～108话 魔犬森林杀人事件
109～110话 明智少年的华丽协奏曲
111～114话 雪影村杀人事件
115话 消失在雪地里的赎金
116话 迷路的恶魔
117～119话 悲叹之鬼面杀人事件（卡通版独创事件）
120～121话 明智少年的华丽剑技
122～124话 亡灵学校杀人事件
125话 瞬间消失之谜
126～130话 杀戮的深蓝
131话 底片里的不在场证明
132～135话 出云传说杀人事件（卡通版独创事件）
136～137话 明智警视之华丽推理in LasVegas
138话 逆转不可能！七濑美雪的杀人嫌疑（短篇集第五集【染血之泳池杀人事件】）
139～143话 露西亚人偶杀人事件
144话 怪盗绅士的挑战书
145～148话 怪奇马戏团杀人
File系列
1992年～1997年间连载。共19个事件，27册单行本。漫画开始并没有一个明确的主线，每个事件都是独立的。直至第15个事件“魔术列车杀人事件”中，天才罪犯“高远遥一”的出现，才使这个系列开始有了连结性 1、歌剧院杀人事件 2、异人馆村杀人事件 3、雪夜叉传说杀人事件 4、学园七个不可思议杀人事件 5、秘宝岛杀人事件 6、悲恋湖传说杀人事件 7、异人馆旅馆杀人事件 8、绞首学园杀人事件 9、飞弹机关宅邸杀人事件 10、金田一少年的杀人 11、塔罗山庄杀人事件 12、蜡像城杀人事件 13、怪盗绅士的杀人 14、墓场岛杀人事件 15、魔术列车杀人事件 16、黑死蝶杀人事件 17、法兰西银币杀人事件 18、魔神遗迹杀人事件 19、速水玲香诱拐杀人事件
Case系列
1998年～2000年间连载。共7个事件，10册单行本。从“File系列”中分开，这对读者来说有容易阅读的优点 1、魔犬森林杀人事件 2、银幕之杀人鬼 3、天草财宝传说杀人事件 4、雪影村杀人事件 5、露西亚人偶杀人事件 6、怪奇马戏团杀人事件 7、金田一少年的敢死之行 Short File系列 1997年～2000年间连载。共17个事件，6册单行本。大多都是在2～3次内就结束的短篇系列。有许多并不是杀人事件的故事。 01 冰点下15度的杀意 02 是谁杀了女神? 03 1/2的杀人者 04 圣诞夜杀人事件 05 镜迷宫杀人事件 06 金田一二三诱拐事件 07 金田一二三的冒险 08 消失在雪地里的赎金 09 底片里的不在场证明 10 杀人餐厅 11 染血之泳池杀人事件 12 亡灵学校杀人事件 13 瞬间消失之谜 14 妖刀毒蜂杀人事件 15 怪盗绅士的挑战书 16 凌晨04:40的枪声 17 女医师的诡异企图 新系列 2004年8月18日起，开始重新登场，采不定期连载。此“新系列”不延用过往单行本集数编号排序，改用册数为事件标准排序。 01 吸血鬼传说杀人事件 02 剧场馆第三次杀人事件 金田一少年之事件簿 03 狱门塾杀人事件 04 雪灵传说杀人事件 短篇 速水玲香与不速之客 05 不动高中校园祭杀人事件 06 血溜之间杀人事件 07 黑魔术杀人事件 08 剑持警部的杀人 番外篇1 跳水池的恶灵 番外篇2 露营场之“怪”事件 09 炼金术杀人事件 短篇 一万米高空的杀人 10 游戏馆杀人事件 11 食人研究所杀人事件（20周年新作，2012年连载启动） 12 暗黑城杀人事件 13香港九龙财宝杀人事件 超短篇 01 美雪和阿一的生活琐事 02 K M R 03 金田一少年之报酬 04 金田一少年之怪奇事件簿 05 美少女侦探 金田一二三 06 美少女侦探 金田一二三2 07 美少女侦探 金田一二三3 08 健悟的房间 09 明智警视优雅的早晨情景 漫画（次要系列） Akechi File系列（明智警视篇） 1997年～2000年间连载。共7个事件，2册单行本。特别以金田一的对手明智警视作为主角的系列。分别描绘明智高中生时代的《明智少年之华丽灿烂事件簿》（明智少年の华丽なる事件簿），及成为刑警之后的《明智警视之优雅犀利事件簿》（明智警视の优雅なる事件簿）。这个系列的标题，都有附加上英文副标题。 明智警视之优雅犀利事件簿 1 证词猜谜 The Murder Train 2 杀人扑克 Unlucky Men in the Rain 3 死者的将军棋 The Great Chess Player Akechi 4 幽灵饭店杀人事件 The Encounter 明智少年之华丽灿烂事件簿 1 明智少年之最初事件 Farewell, My Dear Friend 2 杀意四重奏 The Perfect Violinist Akechi 3 幽灵剑客杀人事件 The Pride Murder
TV动画版全目录
1～3话 学园七不思议杀人事件
4～6话 悲恋湖传说杀人事件
7～9话 蜡人形城杀人事件
10～12话 怪盗绅士的杀人
13～15话 悲报岛杀人事件（秘宝岛杀人事件）
16～17话 恶魔组曲杀人事件
18～20话 飞弹机关宅邸杀人事件
21～23话 歌剧院杀人事件
特别篇 死神病院杀人事件
24～27话 金田一少年的杀人
28～31话 幽灵客船杀人事件
32话 冰点下15度的杀意
33～36话 魔术列车杀人事件
37～39话 雪夜叉传说杀人事件
40～42话 塔罗山庄杀人事件
43～46话 黑死蝶杀人事件
47～50话 速水玲香诱拐杀人事件
51～54话 佛兰西银币杀人事件
55话 是谁杀了女神？
56～59话 魔神遗迹杀人事件
60～62话 墓场岛杀人事件
63话 明智警视之华丽推理
64～67话 鬼火岛杀人事件
68～69话 剑持警部的秘密（档案1为短篇集第二集收录【1/2的杀人者】，档案2为短篇集第一集所附短篇小说【共犯X】）
70～73话 异人馆旅馆杀人事件
74～77话 计算机山庄杀人事件
78～80话 神圣的西洋情人节杀人事件（短篇集第二集【圣诞夜杀人事件】改）
81话 金田一二三诱拐事件
82话 镜迷宫杀人事件
83话 明智警视之华丽推理2
84～87话 银幕之杀人鬼
88～89话 明智少年华丽的挑战
90～93话 上海鱼人传说杀人事件
94话 鹈饲村杀人事件（短篇集第四集【金田一二三的冒险】）
95～99话 天草财宝传说杀人事件
100话 真夏的恶梦（短篇集第三集所附短篇小说【金田一少年的恶梦】）
101～103话 雷祭杀人事件
104话 杀人餐厅
105～108话 魔犬森林杀人事件
109～110话 明智少年的华丽协奏曲
111～114话 雪影村杀人事件
115话 消失在雪地里的赎金
116话 迷路的恶魔
117～119话 悲叹之鬼面杀人事件（卡通版独创事件）
120～121话 明智少年的华丽剑技
122～124话 亡灵学校杀人事件
125话 瞬间消失之谜
126～130话 杀戮的深蓝
131话 底片里的不在场证明
132～135话 出云传说杀人事件（卡通版独创事件）
136～137话 明智警视之华丽推理in LasVegas
138话 逆转不可能！七濑美雪的杀人嫌疑（短篇集第五集【染血之泳池杀人事件】）
139～143话 露西亚人偶杀人事件
144话 怪盗绅士的挑战书
145～148话 怪奇马戏团杀人
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