名侦探柯南中怪盗基德，服部平次，组织（不管几人），柯南爸妈，以及柯南变回新一的时候。这些出场集数
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怪盗基德：
076 柯南vs怪盗基德
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇） （易容出现）
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇） （易容出现）
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）（以怪盗基德样子出现）
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德
356 怪盗基德的惊异空中步行
394-396奇异屋宇的大冒险（易容出现，最后才现原形）
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）（易容出现）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）
472 工藤新一少年时的冒险（前篇）【一代】
473 工藤新一少年时的冒险（后篇）【一代】(但本人也出现了，是在七岁时候的黑羽快斗，只有一个镜头)
479和服部平次在一起的三天(远影)
515 怪盗基德瞬间移动（自身）
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
571妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇) (江户川柯南在解释警视厅搜查各科的工作时出现过远影)
585 永恒的樱花之恋 （基德的预告)
586 消失在黑暗中的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团
626.3 怪盗基德忙碌的约会（2011年8月6日播出）
626.6 来自女王邀请的魔术表演（2011年8月13日播出）
627 柯南基德的龙马宝物攻防战(前篇)（2011年8月20日播出）
628 柯南基德的龙马宝物攻防战(后篇)（2011年8月27日播出）
服部平次：
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
057 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
058 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）
077 名门连续惨死事件（前篇）
078 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）*(引子以及打给出版社的电话）
118 浪花连续杀人事件（1小时特别篇）
141 结婚前夜的密室事件（前篇）
142 结婚前夜的密室事件（后篇）
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 （1.5小时特别篇）
189 危命的复活 负伤之下的名侦探 * (探望受伤的柯南)
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 归来的新一*
221 满口谎言的委托人（后篇）*(引子)
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪的3个K事件（前篇）
239 大阪的3个K事件（后篇）
240 新干线护送事件(前篇) *(收尾)
263 大阪双重迷案-浪花剑士与太阁之城（1.5小时特别篇）
277 英语教师VS关西名侦探（上）
278 英语教师VS关西名侦探（下）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展（前篇）
324 服部平次一筹莫展（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2小时特别篇）
371 沉默的航线（前篇）*（一个镜头）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔（1.5小时特别篇）
406 柯南和平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南和平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南和平次的推理魔术（解决篇）
479 和服部平次一起的3天（1.5小时特别篇）
484 黑色照片的去向（前篇）*(告诉柯南自己对本堂瑛佑的调查结果)
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决!
491 红与黑的碰撞 开端*（收尾）
509 红白黄色与侦探团 * (柯南回忆《火焰中的红马》情节)
515 怪盗KID的瞬间移动魔术(1小时特别篇）*（引子）
516风林火山 迷宫的铠甲武士(特别篇）
517风林火山 阴和电闪的终结
521 杀人犯-工藤新一 (1小时特别篇)
522 新一的真实身份与兰的眼泪 (1小时特别篇)
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花(前篇) *
554 鹳的探索之旅(兰搜索篇)
555 鹳的探索之旅(阳菜追踪篇)
组织：
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下药变小，拉开序幕) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道他的身份，在毛利兰的询问下，工藤新一化名为江户川柯南） 004大都会暗号地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新干线大爆破事件(被柯南怀疑的两个黑衣爆炸嫌犯并非黑暗组织)
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇知道新一变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道柯南的身份，二人成挚友)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场，说出药名是APTX4869）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。)
162 飞天密室 工藤新一最初的事件 （小兰回忆工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场，为以后埋伏笔）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，任务：暗杀)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一次恢复，皮斯克知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活-洞窟内的侦探团 189 危命的复活-负伤的名侦探
190 危命的复活-第三种选择 （工藤新一第二次恢复） 191 危命的复活-黑衣骑士
192 危命的复活-新一回来了
193 危命的复活-约定的场所
223 人鱼失踪记（推理篇） (宫野志保的名字出现在登记册上，说明组织在研究不死药物的APTX-4869)
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
253 本厅刑事恋爱物语4（上集）
254 本厅刑事恋爱物语4（下集）(本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。望月以为，有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集） （称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（上集）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
275 幽灵屋的真相（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）（这集哀说了很多话;主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息）
284 中华街雨中的似曾相识（上集） （小兰回忆起包含克里斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。） 287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。结尾处，莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来作铺垫）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓的日记进行详细研究，获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被Gin发现。灰原哀对赤井秀一有感觉） 329 金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司是阿笠博士的旧识。) 330 金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（朱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑，为下一集中从朱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉；解释了286-288工藤新一NY事件的全部线索）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找P股上的印记（后篇） （哀拒绝参加证人保护计划） 361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律） 394 怪屋大冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井秀一的死更假了）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（交代上一集的结果）
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件） 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入强盗案） 564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑） 580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退）
柯南爸妈：
043.江户川柯南诱拐事件
096.走头无路的名侦探！连续两大杀人事件（特别篇04）
286.工藤新一NY事件(事件篇)
144.上野出发北斗星3号（前篇）
145.上野出发北斗星3号（后篇）
287.工藤新一NY事件(推理篇)
288.工藤新一NY事件(解决篇)
333.相似的女王陛下（前篇）
334.相似的女王陛下（后篇）
345.与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（特别篇15）
418.米花町阁楼的房屋
621.福尔摩斯沉默录(0 is start)
柯南变回新一：
TV049 外交官杀人事件(后篇)
TV190 危命的复活 第三种选择
TV191 危命的复活 黑衣骑士
TV192 危命的复活 新一回来了
TV193 危命的复活 约定的场所
076 柯南vs怪盗基德
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇） （易容出现）
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇） （易容出现）
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）（以怪盗基德样子出现）
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德
356 怪盗基德的惊异空中步行
394-396奇异屋宇的大冒险（易容出现，最后才现原形）
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）（易容出现）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）
472 工藤新一少年时的冒险（前篇）【一代】
473 工藤新一少年时的冒险（后篇）【一代】(但本人也出现了，是在七岁时候的黑羽快斗，只有一个镜头)
479和服部平次在一起的三天(远影)
515 怪盗基德瞬间移动（自身）
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
571妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇) (江户川柯南在解释警视厅搜查各科的工作时出现过远影)
585 永恒的樱花之恋 （基德的预告)
586 消失在黑暗中的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团
626.3 怪盗基德忙碌的约会（2011年8月6日播出）
626.6 来自女王邀请的魔术表演（2011年8月13日播出）
627 柯南基德的龙马宝物攻防战(前篇)（2011年8月20日播出）
628 柯南基德的龙马宝物攻防战(后篇)（2011年8月27日播出）
服部平次：
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
057 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
058 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）
077 名门连续惨死事件（前篇）
078 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）*(引子以及打给出版社的电话）
118 浪花连续杀人事件（1小时特别篇）
141 结婚前夜的密室事件（前篇）
142 结婚前夜的密室事件（后篇）
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 （1.5小时特别篇）
189 危命的复活 负伤之下的名侦探 * (探望受伤的柯南)
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 归来的新一*
221 满口谎言的委托人（后篇）*(引子)
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪的3个K事件（前篇）
239 大阪的3个K事件（后篇）
240 新干线护送事件(前篇) *(收尾)
263 大阪双重迷案-浪花剑士与太阁之城（1.5小时特别篇）
277 英语教师VS关西名侦探（上）
278 英语教师VS关西名侦探（下）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展（前篇）
324 服部平次一筹莫展（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2小时特别篇）
371 沉默的航线（前篇）*（一个镜头）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔（1.5小时特别篇）
406 柯南和平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南和平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南和平次的推理魔术（解决篇）
479 和服部平次一起的3天（1.5小时特别篇）
484 黑色照片的去向（前篇）*(告诉柯南自己对本堂瑛佑的调查结果)
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决!
491 红与黑的碰撞 开端*（收尾）
509 红白黄色与侦探团 * (柯南回忆《火焰中的红马》情节)
515 怪盗KID的瞬间移动魔术(1小时特别篇）*（引子）
516风林火山 迷宫的铠甲武士(特别篇）
517风林火山 阴和电闪的终结
521 杀人犯-工藤新一 (1小时特别篇)
522 新一的真实身份与兰的眼泪 (1小时特别篇)
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花(前篇) *
554 鹳的探索之旅(兰搜索篇)
555 鹳的探索之旅(阳菜追踪篇)
组织：
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下药变小，拉开序幕) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道他的身份，在毛利兰的询问下，工藤新一化名为江户川柯南） 004大都会暗号地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新干线大爆破事件(被柯南怀疑的两个黑衣爆炸嫌犯并非黑暗组织)
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇知道新一变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道柯南的身份，二人成挚友)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场，说出药名是APTX4869）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。)
162 飞天密室 工藤新一最初的事件 （小兰回忆工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场，为以后埋伏笔）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，任务：暗杀)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一次恢复，皮斯克知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活-洞窟内的侦探团 189 危命的复活-负伤的名侦探
190 危命的复活-第三种选择 （工藤新一第二次恢复） 191 危命的复活-黑衣骑士
192 危命的复活-新一回来了
193 危命的复活-约定的场所
223 人鱼失踪记（推理篇） (宫野志保的名字出现在登记册上，说明组织在研究不死药物的APTX-4869)
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
253 本厅刑事恋爱物语4（上集）
254 本厅刑事恋爱物语4（下集）(本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。望月以为，有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集） （称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（上集）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
275 幽灵屋的真相（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）（这集哀说了很多话;主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息）
284 中华街雨中的似曾相识（上集） （小兰回忆起包含克里斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。） 287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。结尾处，莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来作铺垫）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓的日记进行详细研究，获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被Gin发现。灰原哀对赤井秀一有感觉） 329 金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司是阿笠博士的旧识。) 330 金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（朱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑，为下一集中从朱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉；解释了286-288工藤新一NY事件的全部线索）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找P股上的印记（后篇） （哀拒绝参加证人保护计划） 361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律） 394 怪屋大冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井秀一的死更假了）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（交代上一集的结果）
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件） 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入强盗案） 564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑） 580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退）
柯南爸妈：
043.江户川柯南诱拐事件
096.走头无路的名侦探！连续两大杀人事件（特别篇04）
286.工藤新一NY事件(事件篇)
144.上野出发北斗星3号（前篇）
145.上野出发北斗星3号（后篇）
287.工藤新一NY事件(推理篇)
288.工藤新一NY事件(解决篇)
333.相似的女王陛下（前篇）
334.相似的女王陛下（后篇）
345.与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（特别篇15）
418.米花町阁楼的房屋
621.福尔摩斯沉默录(0 is start)
柯南变回新一：
TV049 外交官杀人事件(后篇)
TV190 危命的复活 第三种选择
TV191 危命的复活 黑衣骑士
TV192 危命的复活 新一回来了
TV193 危命的复活 约定的场所
追问
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049 外交官杀人事件(后篇)
一天，毛利侦探事务所来了一个神秘人，这人就是关西的名侦探：服部平次。当时，服部平次还没有察觉到柯南就是新一。而且，服部平次带来的中国酒：白干，骗柯南喝了下去。在事件即将要结束时，工藤新一却出现在大家眼前，不过，眼前的新一似乎有点异常。新一挺着重感冒解决了整个事件。
最后，担心他的兰却叫医生来，当时，新一彻底失去了知觉，从楼梯上跌了下来，躲在厕所里，变回了柯南。
此时的服部已经有些察觉了……
219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。(这里有怪盗对新一,但后面的不是新一,以柯南的身份出现) 另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。
一天，毛利侦探事务所来了一个神秘人，这人就是关西的名侦探：服部平次。当时，服部平次还没有察觉到柯南就是新一。而且，服部平次带来的中国酒：白干，骗柯南喝了下去。在事件即将要结束时，工藤新一却出现在大家眼前，不过，眼前的新一似乎有点异常。新一挺着重感冒解决了整个事件。
最后，担心他的兰却叫医生来，当时，新一彻底失去了知觉，从楼梯上跌了下来，躲在厕所里，变回了柯南。
此时的服部已经有些察觉了……
219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。(这里有怪盗对新一,但后面的不是新一,以柯南的身份出现) 另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。
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怪盗基德：
076 柯南vs怪盗基德
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇） （易容出现）
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇） （易容出现）
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）（以怪盗基德样子出现）
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德
356 怪盗基德的惊异空中步行
394-396奇异屋宇的大冒险（易容出现，最后才现原形）
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）（易容出现）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）
472 工藤新一少年时的冒险（前篇）【一代】
473 工藤新一少年时的冒险（后篇）【一代】(但本人也出现了，是在七岁时候的黑羽快斗，只有一个镜头)
479和服部平次在一起的三天(远影)
515 怪盗基德瞬间移动（自身）
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
571妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇) (江户川柯南在解释警视厅搜查各科的工作时出现过远影)
585 永恒的樱花之恋 （基德的预告)
586 消失在黑暗中的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团
626.3 怪盗基德忙碌的约会（2011年8月6日播出）
626.6 来自女王邀请的魔术表演（2011年8月13日播出）
627 柯南基德的龙马宝物攻防战(前篇)（2011年8月20日播出）
628 柯南基德的龙马宝物攻防战(后篇)（2011年8月27日播出）
服部平次：
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
057 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
058 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）
077 名门连续惨死事件（前篇）
078 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）*(引子以及打给出版社的电话）
118 浪花连续杀人事件（1小时特别篇）
141 结婚前夜的密室事件（前篇）
142 结婚前夜的密室事件（后篇）
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 （1.5小时特别篇）
189 危命的复活 负伤之下的名侦探 * (探望受伤的柯南)
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 归来的新一*
221 满口谎言的委托人（后篇）*(引子)
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪的3个K事件（前篇）
239 大阪的3个K事件（后篇）
240 新干线护送事件(前篇) *(收尾)
263 大阪双重迷案-浪花剑士与太阁之城（1.5小时特别篇）
277 英语教师VS关西名侦探（上）
278 英语教师VS关西名侦探（下）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展（前篇）
324 服部平次一筹莫展（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2小时特别篇）
371 沉默的航线（前篇）*（一个镜头）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔（1.5小时特别篇）
406 柯南和平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南和平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南和平次的推理魔术（解决篇）
479 和服部平次一起的3天（1.5小时特别篇）
484 黑色照片的去向（前篇）*(告诉柯南自己对本堂瑛佑的调查结果)
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决!
491 红与黑的碰撞 开端*（收尾）
509 红白黄色与侦探团 * (柯南回忆《火焰中的红马》情节)
515 怪盗KID的瞬间移动魔术(1小时特别篇）*（引子）
516风林火山 迷宫的铠甲武士(特别篇）
517风林火山 阴和电闪的终结
521 杀人犯-工藤新一 (1小时特别篇)
522 新一的真实身份与兰的眼泪 (1小时特别篇)
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花(前篇) *
554 鹳的探索之旅(兰搜索篇)
555 鹳的探索之旅(阳菜追踪篇)
组织：
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下药变小，拉开序幕) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道他的身份，在毛利兰的询问下，工藤新一化名为江户川柯南） 004大都会暗号地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新干线大爆破事件(被柯南怀疑的两个黑衣爆炸嫌犯并非黑暗组织)
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇知道新一变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道柯南的身份，二人成挚友)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场，说出药名是APTX4869）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。)
162 飞天密室 工藤新一最初的事件 （小兰回忆工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场，为以后埋伏笔）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，任务：暗杀)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一次恢复，皮斯克知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活-洞窟内的侦探团 189 危命的复活-负伤的名侦探
190 危命的复活-第三种选择 （工藤新一第二次恢复） 191 危命的复活-黑衣骑士
192 危命的复活-新一回来了
193 危命的复活-约定的场所
223 人鱼失踪记（推理篇） (宫野志保的名字出现在登记册上，说明组织在研究不死药物的APTX-4869)
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
253 本厅刑事恋爱物语4（上集）
254 本厅刑事恋爱物语4（下集）(本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。望月以为，有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集） （称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（上集）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
275 幽灵屋的真相（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）（这集哀说了很多话;主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息）
284 中华街雨中的似曾相识（上集） （小兰回忆起包含克里斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。） 287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。结尾处，莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来作铺垫）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓的日记进行详细研究，获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被Gin发现。灰原哀对赤井秀一有感觉） 329 金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司是阿笠博士的旧识。) 330 金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（朱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑，为下一集中从朱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉；解释了286-288工藤新一NY事件的全部线索）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找P股上的印记（后篇） （哀拒绝参加证人保护计划） 361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律） 394 怪屋大冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井秀一的死更假了）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（交代上一集的结果）
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件） 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入强盗案） 564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑） 580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退）
柯南爸妈：
043.江户川柯南诱拐事件
096.走头无路的名侦探！连续两大杀人事件（特别篇04）
286.工藤新一NY事件(事件篇)
144.上野出发北斗星3号（前篇）
145.上野出发北斗星3号（后篇）
287.工藤新一NY事件(推理篇)
288.工藤新一NY事件(解决篇)
333.相似的女王陛下（前篇）
334.相似的女王陛下（后篇）
345.与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（特别篇15）
418.米花町阁楼的房屋
621.福尔摩斯沉默录(0 is start)
076 柯南vs怪盗基德
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇） （易容出现）
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇） （易容出现）
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）（以怪盗基德样子出现）
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德
356 怪盗基德的惊异空中步行
394-396奇异屋宇的大冒险（易容出现，最后才现原形）
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）（易容出现）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）
472 工藤新一少年时的冒险（前篇）【一代】
473 工藤新一少年时的冒险（后篇）【一代】(但本人也出现了，是在七岁时候的黑羽快斗，只有一个镜头)
479和服部平次在一起的三天(远影)
515 怪盗基德瞬间移动（自身）
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
571妖怪仓库中的夺宝战斗(前篇) (江户川柯南在解释警视厅搜查各科的工作时出现过远影)
585 永恒的樱花之恋 （基德的预告)
586 消失在黑暗中的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团
626.3 怪盗基德忙碌的约会（2011年8月6日播出）
626.6 来自女王邀请的魔术表演（2011年8月13日播出）
627 柯南基德的龙马宝物攻防战(前篇)（2011年8月20日播出）
628 柯南基德的龙马宝物攻防战(后篇)（2011年8月27日播出）
服部平次：
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
057 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
058 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）
077 名门连续惨死事件（前篇）
078 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）*(引子以及打给出版社的电话）
118 浪花连续杀人事件（1小时特别篇）
141 结婚前夜的密室事件（前篇）
142 结婚前夜的密室事件（后篇）
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 （1.5小时特别篇）
189 危命的复活 负伤之下的名侦探 * (探望受伤的柯南)
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 归来的新一*
221 满口谎言的委托人（后篇）*(引子)
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪的3个K事件（前篇）
239 大阪的3个K事件（后篇）
240 新干线护送事件(前篇) *(收尾)
263 大阪双重迷案-浪花剑士与太阁之城（1.5小时特别篇）
277 英语教师VS关西名侦探（上）
278 英语教师VS关西名侦探（下）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展（前篇）
324 服部平次一筹莫展（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2小时特别篇）
371 沉默的航线（前篇）*（一个镜头）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔（1.5小时特别篇）
406 柯南和平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南和平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南和平次的推理魔术（解决篇）
479 和服部平次一起的3天（1.5小时特别篇）
484 黑色照片的去向（前篇）*(告诉柯南自己对本堂瑛佑的调查结果)
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决!
491 红与黑的碰撞 开端*（收尾）
509 红白黄色与侦探团 * (柯南回忆《火焰中的红马》情节)
515 怪盗KID的瞬间移动魔术(1小时特别篇）*（引子）
516风林火山 迷宫的铠甲武士(特别篇）
517风林火山 阴和电闪的终结
521 杀人犯-工藤新一 (1小时特别篇)
522 新一的真实身份与兰的眼泪 (1小时特别篇)
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花(前篇) *
554 鹳的探索之旅(兰搜索篇)
555 鹳的探索之旅(阳菜追踪篇)
组织：
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下药变小，拉开序幕) 002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道他的身份，在毛利兰的询问下，工藤新一化名为江户川柯南） 004大都会暗号地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新干线大爆破事件(被柯南怀疑的两个黑衣爆炸嫌犯并非黑暗组织)
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇知道新一变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道柯南的身份，二人成挚友)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场，说出药名是APTX4869）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。)
162 飞天密室 工藤新一最初的事件 （小兰回忆工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场，为以后埋伏笔）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，任务：暗杀)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一次恢复，皮斯克知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 危命的复活-洞窟内的侦探团 189 危命的复活-负伤的名侦探
190 危命的复活-第三种选择 （工藤新一第二次恢复） 191 危命的复活-黑衣骑士
192 危命的复活-新一回来了
193 危命的复活-约定的场所
223 人鱼失踪记（推理篇） (宫野志保的名字出现在登记册上，说明组织在研究不死药物的APTX-4869)
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
253 本厅刑事恋爱物语4（上集）
254 本厅刑事恋爱物语4（下集）(本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。望月以为，有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集） （称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（上集）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
275 幽灵屋的真相（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）（这集哀说了很多话;主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息）
284 中华街雨中的似曾相识（上集） （小兰回忆起包含克里斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。） 287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。结尾处，莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来作铺垫）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件） 310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓的日记进行详细研究，获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被Gin发现。灰原哀对赤井秀一有感觉） 329 金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司是阿笠博士的旧识。) 330 金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（朱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑，为下一集中从朱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （朱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉；解释了286-288工藤新一NY事件的全部线索）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找P股上的印记（后篇） （哀拒绝参加证人保护计划） 361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律） 394 怪屋大冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井秀一的死更假了）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（交代上一集的结果）
525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件） 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入强盗案） 564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑） 580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退）
柯南爸妈：
043.江户川柯南诱拐事件
096.走头无路的名侦探！连续两大杀人事件（特别篇04）
286.工藤新一NY事件(事件篇)
144.上野出发北斗星3号（前篇）
145.上野出发北斗星3号（后篇）
287.工藤新一NY事件(推理篇)
288.工藤新一NY事件(解决篇)
333.相似的女王陛下（前篇）
334.相似的女王陛下（后篇）
345.与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（特别篇15）
418.米花町阁楼的房屋
621.福尔摩斯沉默录(0 is start)
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