Question

怎么研究基因启动子上游的一段序列是不是基因表达的调控序列

Answer 1

可以将序列克隆到体外进行表达，通过基因表达的量来进行判断：
1. 首先将上游序列带启动子序列克隆到一些报告基因的载体中，例如luciferase的基因，首先观察构建后，luciferase是否能够表达。然后再通过突变或截短启动子上游的区域，来观察luciferase的表达强弱，以判断是哪一段，甚至是哪几个碱基对下游基因的转录起到调控的作用。用报告基因是比较简单方便的办法。
2. 如果目标基因的产物本身容易检测，也可以直接将上游序列到目标基因全部克隆出来，在体外进行表达。方法同样，是通过突变和缺失来验证功能。
如果缺失或突变该段序列后，目标基因无法表达，则说明是相关，如果经过验证后，表达水平没有变化，则说明是无关的序列。
通常，报告基因检测会简单些，因为直接加入底物或者是荧光激发，就可以知道表达水平的变化。在目标基因的验证上，通常会通过RT-qPCR查看mRNA水平，WB查看蛋白水平的变化来确认这段序列的功能。

追问

要研究基因的上游序列能够调控构建的表达体报告基因的表达吗

追答

可以的，其实现在大家研究启动子用luciferase报告基因的非常普遍。都是将启动子或调控序列克隆岛报告基因载体上去做的。因为启动子就是一段特定的序列，各种调控原件也就是一些序列。细胞内部特定的调控因子识别调控原件启动下游基因的转录和表达调控。
如果有已经预测的转录因子，还可以体外表达以后，做EMSA，ChIP等。但是最一开始还是得大致确定序列，进行克隆表达。