蛋白质是最先在蛋白中发现的吗?
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蛋白质的发现
在18世纪,安东尼奥•弗朗索瓦(Antoine Fourcroy)和其他一些研究者发现蛋白质是一类独特的生物分子,他们发现用酸处理一些分子能够使其凝结或絮凝。当时他们注意到的例子有来自蛋清、血液、血清白蛋白、纤维素和小麦面筋里的蛋白质。荷兰化学家Gerhardus Johannes Mulder对一般的蛋白质进行元素分析发现几乎所有的蛋白质都有相同的实验公式。用“蛋白质”这一名词来描述这类分子是由Mulder的合作者永斯•贝采利乌斯于1838年提出。Mulder随后鉴定出蛋白质的降解产物,并发现其中含有为氨基酸的亮氨酸,并且得到它(非常接近正确值)的分子量为131Da。
对于早期的生物化学家来说,研究蛋白质的困难在于难以纯化大量的蛋白质以用于研究。因此,早期的研究工作集中于能够容易地纯化的蛋白质,如血液、蛋清、各种毒素中的蛋白质以及消化性和代谢酶(获取自屠宰场)。1950年代后期,Armour Hot Dog Co.公司纯化了一公斤纯的牛胰腺中的核糖核酸酶A,并免费提供给全世界科学家使用。目前,科学家可以从生物公司购买越来越多的各类纯蛋白质。
著名化学家莱纳斯•鲍林成功地预测了基于氢键的规则蛋白质二级结构,而这一构想最早是由威廉•阿斯特伯里于1933年提出。随后,Walter Kauzman在总结自己对变性的研究成果和之前Kaj Linderstrom-Lang的研究工作的基础上,提出了蛋白质折叠是由疏水相互作用所介导的。1949年,弗雷德里克•桑格首次正确地测定了胰岛素的氨基酸序列,并验证了蛋白质是由氨基酸所形成的线性(不具有分叉或其他形式)多聚体。原子分辨率的蛋白质结构首先在1960年代通过X射线晶体学获得解析;到了1980年代,NMR也被应用于蛋白质结构的解析;近年来,冷冻电子显微学被广泛用于对于超大分子复合体的结构进行解析。截至到2008年2月,蛋白质数据库中已存有接近50,000个原子分辨率的蛋白质及其相关复合物的三维结构的坐标。
蛋白酶的命名
已鉴定的蛋白酶种类约有两千多种,但酶的命名仍很混乱。
习惯命名法
1898年Duclaux开始在底物的英文名词上加-ase字尾作为酶的名称,此后便逐步形成了习惯命名中的两个惯例:
根据酶催化的底物命名,如水解淀粉的酶amylase,水解蛋白质的酶protease;进一步区分时还可加上酶的器官和来源,如唾液淀粉酶salivary amylase,胰淀粉酶pancreatic amylase,胃蛋白酶pepsin,胰蛋白酶trypsin,木瓜蛋白酶papain等;
根据催化反应的类型命名,如脱氢酶dehydrogenase,基团转移酶等;进一步区分时也可加上底物名,如琥珀酸脱氢酶succinate dehydrogenase,谷丙转氨酶glutamate-pyruvate transaminase,谷草转氨酶glutamicoxalacetic transaminase等。
随着新酶的不断发现,不同地区的研究人员根据其习惯方式给众多的酶命名,很难统一。为此,1956年成立的国际酶学委员会EC在1961年推荐了一个关于酶的系统分类法及酶命名原则,并被国际生化学会IUB所采纳而成为现在对酶分类及命名的标准。
国际系统分类原则及命名法
该分类法根据所催化反应的类型而将酶分为六大类,每一大类之下又分为若干亚类及亚亚类。按照该分类原则,一个酶的名称必须同时反映出催化反应的类型和底物,并要给其一个统一的编号。
以乳酸脱氢酶为例,其系统名称为NAD+:α羟基丙酸氧化还原酶:即首先列出底物,若底物多于一个,则要在中间用”:”分开,后面再写出反应类型。该酶的编号为Ec 1, 1, 1, 27:其中Ec代表国际酶学委员会,第一个1代表氧化还原酶,第二个1代表此类酶中的第一个亚类,即被氧化的基团为=CHOH,第三个1代表该亚类下的第一个亚亚类,即氢的受体是NAD+,27则表示乳酸脱氢酶在此亚亚类中的顺序号。
应当提及的是,尽管国际上已规定了酶的通用系统分类法和命名法,但由于该法比较烦琐,名称太长而不好记,因此目前大量应用的还是习惯名或推荐名,而所谓的推荐名就是EC推荐使用的一个习惯名。
葡萄糖是一种单糖,人们最初发现这种糖在葡萄这种水果里比较多,就命名其为“葡萄糖”其实很多水果中都有葡萄糖,现在还可以人工配制葡萄糖呢。
这就是二者之间的关系。
糖类的命名,有一个是传统命名法,一般在哪里先发现的,就以什么命名。比如,麦芽糖就是在麦芽中发现的,蔗糖就是在甘蔗中发现才叫蔗糖的。葡萄糖,当然就是因为在葡萄里面发现才叫葡萄糖
在18世纪,安东尼奥•弗朗索瓦(Antoine Fourcroy)和其他一些研究者发现蛋白质是一类独特的生物分子,他们发现用酸处理一些分子能够使其凝结或絮凝。当时他们注意到的例子有来自蛋清、血液、血清白蛋白、纤维素和小麦面筋里的蛋白质。荷兰化学家Gerhardus Johannes Mulder对一般的蛋白质进行元素分析发现几乎所有的蛋白质都有相同的实验公式。用“蛋白质”这一名词来描述这类分子是由Mulder的合作者永斯•贝采利乌斯于1838年提出。Mulder随后鉴定出蛋白质的降解产物,并发现其中含有为氨基酸的亮氨酸,并且得到它(非常接近正确值)的分子量为131Da。
对于早期的生物化学家来说,研究蛋白质的困难在于难以纯化大量的蛋白质以用于研究。因此,早期的研究工作集中于能够容易地纯化的蛋白质,如血液、蛋清、各种毒素中的蛋白质以及消化性和代谢酶(获取自屠宰场)。1950年代后期,Armour Hot Dog Co.公司纯化了一公斤纯的牛胰腺中的核糖核酸酶A,并免费提供给全世界科学家使用。目前,科学家可以从生物公司购买越来越多的各类纯蛋白质。
著名化学家莱纳斯•鲍林成功地预测了基于氢键的规则蛋白质二级结构,而这一构想最早是由威廉•阿斯特伯里于1933年提出。随后,Walter Kauzman在总结自己对变性的研究成果和之前Kaj Linderstrom-Lang的研究工作的基础上,提出了蛋白质折叠是由疏水相互作用所介导的。1949年,弗雷德里克•桑格首次正确地测定了胰岛素的氨基酸序列,并验证了蛋白质是由氨基酸所形成的线性(不具有分叉或其他形式)多聚体。原子分辨率的蛋白质结构首先在1960年代通过X射线晶体学获得解析;到了1980年代,NMR也被应用于蛋白质结构的解析;近年来,冷冻电子显微学被广泛用于对于超大分子复合体的结构进行解析。截至到2008年2月,蛋白质数据库中已存有接近50,000个原子分辨率的蛋白质及其相关复合物的三维结构的坐标。
蛋白酶的命名
已鉴定的蛋白酶种类约有两千多种,但酶的命名仍很混乱。
习惯命名法
1898年Duclaux开始在底物的英文名词上加-ase字尾作为酶的名称,此后便逐步形成了习惯命名中的两个惯例:
根据酶催化的底物命名,如水解淀粉的酶amylase,水解蛋白质的酶protease;进一步区分时还可加上酶的器官和来源,如唾液淀粉酶salivary amylase,胰淀粉酶pancreatic amylase,胃蛋白酶pepsin,胰蛋白酶trypsin,木瓜蛋白酶papain等;
根据催化反应的类型命名,如脱氢酶dehydrogenase,基团转移酶等;进一步区分时也可加上底物名,如琥珀酸脱氢酶succinate dehydrogenase,谷丙转氨酶glutamate-pyruvate transaminase,谷草转氨酶glutamicoxalacetic transaminase等。
随着新酶的不断发现,不同地区的研究人员根据其习惯方式给众多的酶命名,很难统一。为此,1956年成立的国际酶学委员会EC在1961年推荐了一个关于酶的系统分类法及酶命名原则,并被国际生化学会IUB所采纳而成为现在对酶分类及命名的标准。
国际系统分类原则及命名法
该分类法根据所催化反应的类型而将酶分为六大类,每一大类之下又分为若干亚类及亚亚类。按照该分类原则,一个酶的名称必须同时反映出催化反应的类型和底物,并要给其一个统一的编号。
以乳酸脱氢酶为例,其系统名称为NAD+:α羟基丙酸氧化还原酶:即首先列出底物,若底物多于一个,则要在中间用”:”分开,后面再写出反应类型。该酶的编号为Ec 1, 1, 1, 27:其中Ec代表国际酶学委员会,第一个1代表氧化还原酶,第二个1代表此类酶中的第一个亚类,即被氧化的基团为=CHOH,第三个1代表该亚类下的第一个亚亚类,即氢的受体是NAD+,27则表示乳酸脱氢酶在此亚亚类中的顺序号。
应当提及的是,尽管国际上已规定了酶的通用系统分类法和命名法,但由于该法比较烦琐,名称太长而不好记,因此目前大量应用的还是习惯名或推荐名,而所谓的推荐名就是EC推荐使用的一个习惯名。
葡萄糖是一种单糖,人们最初发现这种糖在葡萄这种水果里比较多,就命名其为“葡萄糖”其实很多水果中都有葡萄糖,现在还可以人工配制葡萄糖呢。
这就是二者之间的关系。
糖类的命名,有一个是传统命名法,一般在哪里先发现的,就以什么命名。比如,麦芽糖就是在麦芽中发现的,蔗糖就是在甘蔗中发现才叫蔗糖的。葡萄糖,当然就是因为在葡萄里面发现才叫葡萄糖
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Sigma-Aldrich
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