Question

新手求助perl代码

>RPSA
aaaacctcactaatcacttccctatcgtttcTCGATAAGGGTTCTCTTTCAATTTAATCCCTGTGGCATTCACTACgtaagtttttgttttctctgaaattttcctaaaacctcactaatcacttccctatcgtttcgtcgattgc
agGTTAACCGTTGCTCCTAATTAACGGAACCTCGCTGCATCGCTTCGATCGAGTACCCGGGAGAGgtaagcagaggggcactttaattatcggcctcagtcgggaataaccggtcaattcaaaatctgtttgctaacgtaaacaat
tcctccgtcctgccagGTCTTTGCCATCTCGCCCGTCCCTACGGTCAGCGTGCCGTGCTGAAGTACGCCCACTACACGCAGGCGTTCTTTTCGTGAAAACAGGgggaataaccggtcaattcaaaatctgtt
要求：1 打开文件in.txt,就是上面序列。 2把序列开头和结尾的小写序列删除，I开头的是小写序列，E开头是大写序列。 3 序列整理之后 ，输出文件1.txt：
>RPSA
I001gtaagtttttgttttctctgaaattttcctaaaacctcactaatcacttccctatcgtttcgtcgattgcag
E001TCGATAAGGGTTCTCTTTCAATTTAATCCCTGTGGCATTCACTAC
I002gtaagcagaggggcactttaattatcggcctcagtcgggaataaccggtcaattcaaaatctgtttgctaacgtaaacaattcctccgtcctgccag
E002GTTAACCGTTGCTCCTAATTAACGGAACCTCGCTGCATCGCTTCGATCGAGTACCCGGGAGAG
E003GTCTTTGCCATCTCGTCCCGTCCCTACGGTCAGCGTGCCGTGCTGAAGTACGCCCACTACACGCAGGCGTTCTTTTCGTGAAAACAGG
4 把E开头的序列（E001，E002，E003）连成一条序列之后以E000开头，并分别放到I序列下面，输出文件2.txt：
>RPSA
I001gtaagtttttgttttctctgaaattttcctaaaacctcactaatcacttccctatcgtttcgtcgattgcag
E000TCGATAAGGGTTCTCTTTCAATTTAATCCCTGTGGCATTCACTACGTTAACCGTTGCTCCTAATTAACGGAACCTCGCTGCATCGCTTCGATCGAGTACCCGGGAGAGGTCTTTGCCATCTCGTCCCGTCCCTACGGTCAGCGTGCCGTGCTGAAGTACGCCCACTACACGCAGGCGTTCTTTTCGTGAAAACAGG
I002gtaagcagaggggcactttaattatcggcctcagtcgggaataaccggtcaattcaaaatctgtttgctaacgtaaacaattcctccgtcctgccag
E000TCGATAAGGGTTCTCTTTCAATTTAATCCCTGTGGCATTCACTACGTTAACCGTTGCTCCTAATTAACGGAACCTCGCTGCATCGCTTCGATCGAGTACCCGGGAGAGGTCTTTGCCATCTCGTCCCGTCCCTACGGTCAGCGTGCCGTGCTGAAGTACGCCCACTACACGCAGGCGTTCTTTTCGTGAAAACAGG

Answer 1

$str="";
if ($str=/([a-z]+)([A-Z]+)([a-z]+)/)
{
$num++;
printf("I%03d$1$3",$num);
printf("E%03d$2",$num);

push @A,$2;
}
if ($#A){print "E000", join("",@A);}
自己改下往文件读写的过程。。

追问

好像和我要求不符。说明一下：上面的序列是连着的，并且基因也很多，I开头的序列个数也不确定。
文件in.txt中有很多基因，程序改怎么修改。
open IN,"in.txt";
open OUT,">out.txt";
$str=;
if ($str=/([a-z]+)([A-Z]+)([a-z]+)/)
{
$num++;
printf("I%03d$1$3",$num);
printf("E%03d$2",$num);

push @A,$2;
}
if ($#A){print OUT "E000", join("",@A);}
close IN;
close OUT;

追答

open(IN,"IN.txt");
open(OUT1,'+>',"1.txt");
OPEN(OUT2,'+>','2.txt');
print OUT2 "E000";
while($str=)
{
if ($str=/([a-z]+)([A-Z]+)([a-z]+)/)
{
$num++;
$s=sprintf("I%03d$1$3",$num);
print OUT1 "$s\n";
$s=printf("E%03d$2",$num);
print OUT1 "$s\n";

print OUT2 @A,
}
}

Answer 2

很简单，正则表达式匹配进行删除和抓取，之后输出就好了
过程有复杂，不过至少看起来很简单，你自己弄一下吧，
正则表达式网上一大堆教程，你自己学一下好了

追问

我也是自己学了，弄了很久还是编不出来。
帮我写个吧，我会加倍努力的。