Question

You do not know what I say 是什么意思？

Answer 1

你的说法是正确的，应该是I don't know what you say.

这句话是由连接词what引导的宾语从句。
宾语从句所表达的意思无论是陈述还是疑问，用作宾语从句时必须是陈述句语序，也就是说主谓次序不能颠倒。
再举几个例子：
I don't know what you want to eat. 我不知道你想吃什么。
I don't know where he comes from. 我不知道他是哪里人。
I don't know when the bus will arrive. 我不知道汽车什么时候到。
上述几个例句的宾语从句，虽然表达的都是疑问，但都是陈述句语序，而不是疑问句语序。

追问

我问的它是什么意思

Answer 2

You do not know what I say
你不知道我说什么