《齐民要术》反映了我国以前历代认识和利用微生物活动的重大成就。书中提到作曲、酿酒、作酢(制醋)、作酱、作豉、作乳酪、作菹等,都是利用微生物发酵,制取符合人类需要的食品的。在制曲酿酒方面,书中已经将酒曲分为两大类,即笨曲和神曲两大类,这相当于现在大曲和小曲。在制曲过程中,要掺入生料,这有接种微生物的含义,并注意对温度和湿度的控制调节。书中正确地把发酵饼内形成的五色衣,视为曲成熟的标准。在制醋的工艺中,《齐民要术》已将衣(醋酸菌膜)的生成情况下与醋的形成联系起来,似乎已经意识到衣是一种有生命的物质,正是由它的作用,才使酒精转化为醋。这些事实说明,贾思勰对微生物生长规律已有相当丰富的知识。