我觉得双方对战，现代部队需要面对的几个问题包括：
1、分散开的、速度极快、隐觅度极高的，高个人作战能力的小分队单位。
2、磁盾忍者对于金属武器的克制。
3、土遁忍者直接把地面给翻掉了。
至于其他的都是次要的，我想很多人还会提到的：绝对防御的沙遁啊、尾兽炮啊、雷遁的电力系统破坏啊、水淹三军啊。嗯，也都算上吧，我一一解答。
先说次要的：尾兽炮地下掩体工事了解一下……核弹都没辙啊！
如果你用尾兽炮打我的机场，嗯……我们的机场随时都准备着被各种导弹轰机，反导弹系统非常发达好么。
沙遁据对防御？大口径火炮威力了解一下？别说现在，就是越南战争时期，我军的火炮连山都给炸平了！土地都被炸的翻了几翻。
雷遁电力系统破坏？这么说吧，不打信息战，不打系统入侵（因为忍者世界根本就没有！），我们一个独立密闭的房间的电力系统供应，就足够指挥军队了，
明知道你能对电力做打击，还不会提前造多个密闭指挥部？甚至是移动指挥部，放海上，有能耐你顺着海面跑过来，你看我舰艇护舰火力每分钟射速一万发的密集阵玩死你不！
水淹三军？我就把指挥部放航母上了，你掀一个能打翻航母的巨浪水遁我看看！
然后是主要的：
3、土遁忍者掀地面，对于最后必然会发展到的陆军作战来说，确实非常头疼，但是如果现代军队采用，航母舰艇指挥，飞机对所有忍者根据地进行毁灭性打击，
打断补给之后，土遁忍者只能是偶尔偷袭，制造恐怖袭击。
包括但不限于，锻炼体力、凝练查克拉、必要的理论知识以及文化知识等等。
一方面是提高自己的存活率，另一方面也是谋生手段。
2、磁盾忍者，着实头疼，我们的武器基本都是金属的，但是，别忘了，我们也可以制作出可以杀伤的橡胶武器，正面作战全面碾压，最后也是沦为恐怖分子，偶尔制造恐怖袭击。
1、高强作战的个体，沦为恐怖分子，每天动不动就来点恐怖袭击，除了烦人，实在不知道该怎么说他们了。但是，他们已经输了正面战场。
根据以上分析，最后的结论就是：我们根本不需要动用核武器，常规作战就可以把忍者联军打成散兵游勇的少数分子、恐怖分子。接下来就是针对他们的精确打击。一个一个消灭。
其实，如果人类和忍者作战，大家可以参考X战警逆转未来……变种人的下场，基本上就是忍者的下场。
