Question

如何用oligo6评价引物

Answer 1

你要自己先粗略看一下引物设计的是否合乎基本的一些原则，然后再用软件评价。怎么样确定上下游引物和编辑引物不用我多说吧，我就从第三个标签“analyze"说起吧。
1、duplex formation:这是评价引物二聚体形成的，包括自身形成二聚体和引物间二聚体，主要是看引物3‘端有无配对碱基(最好没有)。其中的current oligo是当你对引物进行了编辑（如加入酶切位点）时，对原始引物进行的分析。（下同）形成的二聚体要看能值G(得它不会输入啊！)，能值越低越好，最好不要超过4.5（下同）
2、hairpin formation:是看引物自身能否形成发夹结构，主要也是看3’端不要形成发夹结构。还要看形成发夹结构的能值，不超过4.5。如果引物中加入酶切位点，可能会有发夹结构且能值不会太低，这就需要灵活控制退火温度了。
3、composition and Tm:分析上下游引物的碱基组成，GC比和Tm值，原则我就不多说了。
4、false priming site: 如果模板不是基因组DNA，而是一个特定模板序列，需要进行错配的分析，看你的引物（尤其3‘端）是否与特定模板的其他位点结合。一般错配的引发效率以不超过100为好，但并不绝对，如果正确结合位点的引发效率为450以上，而有一个错配的引发效率是120左右的，这个引物也是可以接受地！！
5、PCR：总结性的显示引物位置，产物大小，Tm值等参数，你可以横向比较一下，尤其是给了一个optimal annealing tem还是可以参照一下地。也给了简单的评价供参考。
引物主要的评价功能也就这些了，应付一些基本的引物分析足够了。这是我个人参阅具体文献及实践所得