截至2015年底,学校拥有直属附属医院2所,非直属附属医院9所;其中学校直属附属医院——江西省中医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复于一体的综合性医院,是江西省首家“三级甲等中医医院”,截至2015年底,该院拥有编制床位1600多张,有卫生部临床重点专科中医项目5个、国家中医药管理局重点建设学科3个、重点专科建设项目12个,主持的国家重点基础研究发展计划(973)项目“灸疗热敏规律及科学基础研究”,实现了江西省医疗界国家973课题立项零的突破。先后被评为“全国卫生系统先进单位”、“全国医药卫生系统先进集体”、“全国卫生系统行风建设先进集体”。