最主要的原因就是因为表兄妹的姓氏不同，要知道唐兄妹的姓氏是相同的所以容易搞混。在古代社会中有很多的大家庭，每一个宗族的内部人员都会长期生活在一个区域，这些人员的关系也非常亲密。堂兄妹都是同一个姓氏家族的成员，所以即使是在古代结婚也是不被允许的。
要知道现如今近亲是不可以通婚的。有专家明确指出，这些近亲结婚的人员生出来的小孩大多数都是畸形的并且身体非常不健康。再加上受到传统社会的影响，人们总是认为近亲结婚是一种乱伦行为，不符合道德规范。但是在古代却允许表兄妹结婚，最重要的原因是因为表兄妹的姓氏不一样。不过堂兄妹无论是在古代还是在现代结婚一直是不被世人允许的。因为在古代堂兄妹就被人们认为是亲人，就是如同是亲生的哥哥和妹妹一样。在古人的思想观念里，近亲结婚其实也是不允许的，所以堂兄妹结婚会被当代人阻止。
但是表兄妹不同，就像红楼梦中林黛玉和贾宝玉之间的关系，其实就是表兄妹关系统，但是二人就有机会能够成为夫妻，只不过因为某种原因这二人无法成为夫妻。因为表兄妹二人的姓氏是不一样的，所以在古时结婚也是能够被世人理解的。
古代很多姓氏家族都已经延续了非常多代，他们当时的关系并不像现在社会如此复杂，所以这些古人就认为相同的姓氏之间往上推很有可能是亲戚关系统，所以相同姓氏的男女是不可以结婚的。如果被人发现堂兄妹结婚的话，就会受到当世人的议论。如果在当时违反规定进行结婚的话，是会受到非常严厉的惩罚的。古时候的这些惩罚往往都比较严苛，所以人们也不会轻易去触犯法律。
在中国古代表兄妹是可以结婚的，但堂兄妹是不能结婚的，这是为什么呢？中国古代的姻亲关系讲究血缘亲上加亲，因为这样可以使家族更加团结，所以表兄妹结婚是非常正常的。但是堂兄妹则不可以随便结婚，因为表兄妹指的是母亲那边的，而堂兄妹指的是父亲这边的，因为中国古代封建社会是父系社会，他们兄妹结婚就相当于乱伦，是绝对不会被允许的。
有人可能会说，即便是表兄妹结婚，生出的孩子是智障的可能性，不也会增大很多吗？因为古代人，他们的婚姻系统是一夫一妻多妾制，所以表兄妹之间可能血缘关系非常淡薄，出现这种情况还是比较少的。
当然现代中国规定的婚姻法中，直系亲属三代以内是不能结婚的，所以不管是表兄妹还是堂兄妹都不能够形成夫妻关系。其实在古代的左传中就记载了，如果结婚的男女双方同一个姓氏，那么生下来的孩子很有可能不健康，也就是说古人也就很早意识到近亲结婚的坏处。
但是古人对近亲结婚的理解不够全面，主要还是以姓氏为本，他们不会允许同姓氏的人结婚，并且在古人的眼里，女子嫁给了丈夫，就属于是男方这边的人，离原来的亲戚就比较远了，自然而然的也觉得表兄妹的血缘关系，没有堂兄妹那么密切。
而实际上，在宋朝就已经不允许近亲结婚了，明朝时期如果同一个姓氏或表兄妹结婚，主婚人和双方男女都要受罚并强行离异。
大家都知道在现在不管是表亲还是堂亲都是不可以结婚的，那么在古代的时候表亲可以结婚而堂兄妹却不行呢？其实这和我们中国的社会有很大的原因。
大家知道在我们中国孩子生下来是要随父亲的姓，而在古代就连妻子都要随丈夫的姓氏，而表亲却是父辈的姐妹，而结婚之后就随夫家的姓氏，孩子也是随夫家的姓氏。
正如古代的一句话，嫁出去的姑娘如同泼出的水，所以古代人认为女儿所生的孩子和自己的血缘并不太认同，因为中国是父系社会，孩子都是围绕着父亲来的，从孩子生下来就是和父亲为主，所以在古代对于表兄妹并不认为有违被什么伦理关系，而堂兄妹因为都是父亲兄弟所生，而且姓氏相同，在中国古代同姓是不能结婚的，哪怕是没有血缘关系也不行。
这现在听起来是不是特别奇葩，同姓不能结婚，而有着血缘关系的表兄妹却可以结婚，这可以说是在没有科学依据的办法，但是这些认知 的错误还是很大的。在以前古代的社会制度中宗族是有着特别大的权威的，而这些事情都是有宗族所影响着，在一个宗族里都是父辈为主的，而父辈的姐妹是不许如族谱的，因为在古代认为女儿都是为别人家生的。
而在现在有着科学的方式让我们不会再违背伦理，同时也可以和自己没有血缘关系的人结婚，无论她是否和你同姓。
中国古代宗法制讲究“内亲外戚”，父亲这方的为亲，母亲那边的都是戚。
举个例子，同样是没有血缘关系的姑姑的丈夫和姨的丈夫完全不同。前者叫姑父，后者只能叫姨夫～这就是区别。
所以原则上能结婚的表亲只是母亲那边的表亲而已。。
至于有人从遗传方面分析则是彻底的扯淡。
