Question

各位大神，帮忙解决一下下面的生物信息学题目吧，我实在看不懂啊，急急急，回复相关主题即给分，采纳追分

1How many entries from maize (Zea mays) are in the public DNA database (such as GenBank)? How many Waxy (granule-bound starch synthase) gene sequences from maize in the database?
#2 A sequence was generated by a suppression subtractive hybridization (SSH) experiment. Please find the best hit(s) of the unknown sequence in the public database and predict its potential function.
>an unknown sequence
CCTCGGAGATCTTCATGGGGGGCAAGAGCACCATCGTGCTgCACAACACCTGCGAGGACTCGCTCCTCGCTGCACCCATCATTCTTGATCTGGTGCTCCT
GGCGGAGCTCAGCACCAGGATTCAGCTGAAGGCCGAGGGAGAGGTAAGAGTCTGACGAGATATGTTGCTAGTCTACTCTGTAGTCGAGATATACTTTGGG
AGCCAAACTGAAGATTTCGCTGCTCCACTTGCATTTGTGCAGGACAAGTTCCATTCCTTCCATCCGGTTGCCACCATCCTGAGCTACCTCACCAAGGCAC
CCCTGGTAAGAAACAATTCTCGACTGTTTGCTCTAAATAACCTATAGATAAATAAAGACGATTAACTGACGTGCCACTGAATTCCTCTGTTAACAGGTTC
CTCCTGGCACGCCGGTGGTGAACGCCCTGGCGAAGCAAAGGGCGATGCTGGAGAACATCATGAGGGCGTGTGTCGGCCTGGCGCCCGAAAACAACATGAT
CCTGGAGTACAAGTGAGGAGCGTGGCCCAAGCTCGCGGAGCCGAGAGCGACCGTACGTACGTAGCAAGTGGCGAGGGGCGACGGGAGGGCAGGACGAAGA
AGAAGGCGAGATCGGCTGTGGAATTATTTGGCGGCTTGTCTTTAGTTTCCTTTGCGAATCTTTCCCTGGTTAAGTTTACCCCAGTGAGTGTGTGTCCTTG
CGAGAAAAG
#3 Use dynamic programming method, the Needleman-Wunsch algorithm, to perform global alignment of the sequences:
P1: HEAGAWGHEEA
P2: PAWHEAEA
Scoring system: BLOSUM50 scoring matrix with gap penalty 8.
BLOSUM50 (partial)

A
E
G
H
P
W
A
5
-1
0
-2
-1
-3
E

6
-3
0
-1
-3
G

8
-2
-2
-3
H

10
-2
-3
P

10
-4
W

15

#4 Please find genes in a genomic segment of bamboo (ownload).
#5 Please find consensus sequences (domains/motifs) in plant disease resistance genes（Download）.
#6 Construction of phylogenetic tree of the plant disease resistance genes
#7A review about cereal genomes or human genomes in recent two years (2011-2012)

Answer 1

(1)在公共DNA数据库（比如GenBank）中有多少玉米相关的条目（entries）？在数据库中与玉米相关数据中有多少Waxy (granule-bound starch synthase)基因序列？
(2)SSH实验得到了一个未知序列，请在公共数据库中找到最佳匹配（hit）（其实就是做比对，blast），然后预测潜在的功能。（结构相似性与功能相似性）
(3)用动态算法（指定了这个算法：Needleman-Wunsch algorithm）对以下序列进行全局比对，打分系统用BLOSUM50空位罚分8。（需要你去了解这个算法，然后用程序实现应用到比对中，最后得出最佳的匹配方案得到结果）
(4) 在竹子的基因组片段中找基因
(5) 在植物抗病基因中找一致性序列（domains/motifs）（这个你可以用寻找motif的软件工具，如MEME）
(6) 构建植物抗病基因的系统发生树
(7) 写一篇近两年关于谷物类基因或者人类基因组相关的综述。

P.S. LZ你这个是课程结束作业么，工作量不小啊

追问

是啊，可是我一窍不通啊，看来楼上是专业的了，能不能帮帮忙啊，下周三就要交了~~~急死了都
还有“玉米相关的条目”是什么意思呀？谢谢楼上了~