Question

关于引物和目的基因的关系。针对某基因设计的同一对引物在不同人的基因组中扩增的片段一定一样吗

在基因诊断时，比如镰状细胞贫血是点突变，患者和正常人在突变点两侧的基因是一样的，那么根据在突变两侧的引物扩增的片段在患者和正常人应该是有所不同的，一个有突变，一个没有，但这不就成了同一对引物扩增不同的基因了？已知致病基因序列设计的引物也能同时扩增正常人该段基因吗。这样能否说：同一对引物可以扩增出不同基因；不同引物也可以扩增出相同基因？那这不是跟引物具有特异性，基因都有特定引物相矛盾？（网上看到你是生物高手，希望能得到详细解释）

Answer 1

“同一对引物可以扩增出不同基因；不同引物也可以扩增出相同基因？”
“在基因诊断时，比如镰状细胞贫血是点突变，患者和正常人在突变点两侧的基因是一样的”

　　这里混淆了基因和基因序列的概念。患者和正常人的基因是同一个，只是患者的基因发生了序列突变。

而引物和目的基因的关系。
　　可以这样理解：引物和目的基因是对应的，但引物的特异性是受到多种因素影响的。所以现在有primer premier等软件专门用来设计引物，因为引物的特异性受到反应条件、模板的影响。当模板就只有目的基因时引物是非常特异的，扩增出目的基因。而当目的基因在载体质粒里、在cDNA里、在基因组里，引物的特异性就受到了挑战，毕竟引物序列就只有18-24bp，在茫茫基因组里和它匹配的序列很难说完全不存在。这时侯就需要寻找折衷的引物，相对特异性的引物将目的基因扩增出来。

希望能帮到你！

追问

非常谢谢你的回答。确实，基因和DNA序列有区别。可我还是有些疑问，“患者和正常人的基因是同一个，只是患者的基因发生了序列突变”，那么用同一对引物可以把患者和正常人的这段序列扩增出来吗，（书中讲基因诊断时就是只用一对引物对患者和正常人PCR，然后根据扩增产物不同进行酶切），但毕竟两者有个点突变的不同，能说同一对引物可以扩增不同序列呢？ 另外，只相差一个碱基的引物或者说相似的引物有可能扩出同一段DNA序列吗？

追答

用同一对引物是可以把患者和正常人的这段序列扩增出来。
　　要理解PCR的含义，引物在基因两端，扩增整个序列，只要引物和两端匹配即可，中间有点突变，只会引起PCR产物中存在两种序列，一种是正常的，一种是突变的。

只相差一个碱基的引物或者说相似的引物有可能扩出同一段DNA序列吗？
　　有的时候即使引物和基因上的序列不是100%匹配也能将目的基因扩增出来，有时候我们在PCR时引入一个酶切位点就是这个道理。

希望我的回答能帮到你！

追问

谢谢，解释的很详细，就是说同一对引物可以扩增不同序列，以前一直认为引物和序列一一对应，现在看来不一定。很多点突变的基因诊断好像都是设计同一对引物来扩增的：）
那么，在设计这个引物时，是根据正常人还是患者的这个基因设计呢，还是都可以？
关于后一个问题：相似的引物扩出的目的基因有可能完全一样吗？如果一样，那酶切位点是在引物上？

追答

　　基因诊断方法有多种，可以用一对引物将正常人和患者的基因都PCR出来测序就可以区分。

相似的引物扩出的目的基因有可能完全一样吗？如果一样，那酶切位点是在引物上？
　　可以一样。一个基因可以设计不同的引物。酶切位点是在引物上，与基因匹配的序列两端再加上酶切位点，目的是为了后面的克隆。