元朝时中央政府管辖西藏的机构名称是什么？
宣政院。
至元元年，元世祖忽必烈下诏设立总制院。到了至元二十五年，尚书省右丞相兼总制院使桑哥，认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请，根据中国唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使臣之例，而更名为宣政院。
从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
部门设置：
宣政院，秩从一品，用三台银印。以帝师领院事。置院使二员(后增至十员)，其为长者常以朝廷大臣担任，位居第二者由帝师推荐僧人担任。宣政院官属得自选用，与中书省、枢密院、御史台并为元朝四个独立的任官系统。灭宋后，即置江南释教都总统。
《元史·百官志三》载：“至元二十五年，因唐制吐蕃来朝见於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二员，同知二员，副使二员，经历二员，都事四员，管勾一员，照磨一员”。
院使由朝廷命官任领。吐蕃有事，另设分院往治。宣政院的官员，僧俗并用，是元朝设立的一个特殊机构。它既是管理全国佛教的事务机关，又是直接统领吐蕃的政务和军事。
元明宗天历二年，罢功德使司归宣政院。设置院使10员，从一品，同知2员，正二品，副使2员，从二品。
宣政院，初名总制院，是中国元朝时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。
至元元年（1264年），元世祖忽必烈下诏设立总制院。到了至元二十五年（1288年），尚书省右丞相兼总制院使桑哥，认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请，根据中国唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使臣之例，而更名为宣政院。从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
宣政院的历史评价
宣政院是一个常设的中央管理机构，是元朝在中央政府中设置的掌管全国佛教事务以及藏族地区军民之政的特殊机构。由于职掌的特殊性，从用人、奏事等方面而言，它成为与中书省、枢密院、御史台并列的四大军政系统之一，这在元朝以前是没有过的。宣政院，以及它的前身总制院，上承唐代之旧，下启明清之新，在历代中央政府的治藏机构中，也是颇具特色的一个，值得深入研究。
一、含义：
（1）元朝设宣政院掌管全国佛教事宜和西藏地区军政事务。属中央行政机构。
（2）元朝在边疆的少数民族设立宣慰司，以管辖边疆少数民族地区的军政事务。隶属于宣政院，属地方行政机构。
二、职能：
1、宣政院：掌管全国佛教事宜和西藏地区军政事务。其职责上主要包括以下几个方面：
（1）负责对西藏地区的军事管理。有关西藏地区的重要军政事务，都必须从宣政院直接发布命令，或由宣政院派官前往当地处理。显示了中央政府对西藏地区的直接统治。
（2）荐举官员。西藏地区各机构中的高级官员的任命由宣政院或帝师荐举。
（3）管理驿站。为了加强对西藏地区的管理，并陆续在藏区设立了31个驿站，驿站负责传送公文，支应过往官员食宿、马匹等。
（4）负责对佛教事务的管理。宣政院是管理西藏地区的最高行政机构。
2、宣慰司：管理边疆的少数民族地区的军政事务，宣慰司是介于省与州之间的一种偏重于军事的监司机构。元朝中央政府在西藏地区设置了三个宣慰使司都元帅府，具体地实施着元中央和宣政院的各项职能。不过，由于三个宣慰司的具体情况不同，在民政管理上有一定的差异。军事和驿站是当时最为重要的两个方面。因此各宣慰司在职能上都侧重于管理军事和驿路交通，有专门的管理元朝驻军和地方军队的官员，也有负责驿站及军队后勤的官员。对于民政，则主要委托地方首领管理。元代在西藏地区担任官职的除藏族地方首领和宗教领袖外，还有蒙古人和畏吾儿人、汉人等。
三、长官由来：
1、宣政院长官称“院使”，掌握实权，宣政院设“院使”二人。一人由中央政府总理全国政务的右丞相兼领，一人由西藏上层喇嘛教主充任。宣政院第一任行政长官有国师八思巴（西藏喇嘛教主）担任。由于宣政院设在大都（今北京），西藏历任帝师也都在大都供职。
2、宣慰司长官称“宣慰使”，是负有承上启下的一个地方区划的军政最高长官。在元代，西藏地区的高级官员须通过宣政院或帝师荐举，并由中央朝廷授职，其任职者多为当地僧俗首领。
四、下设机构：
1、宣政院：在西藏地区下设乌思藏、纳里速、古鲁孙三路宣慰使司都元帅府，直接管理地方事务。
2、宣慰司：下设有宣抚司、安抚司、招讨司、万户府、千户所等机构。
五、二者关系：
西藏地区设宣慰司，由宣政院统一管理；宣政院在西藏下设三道宣慰司；西藏是宣政院直辖地。其他少数民族地区设宣慰司，不由宣政院统一管理。
