鱼的呼吸器官是鳃，位于口咽腔两侧，由鳃弓，鳃耙，鳃丝组成。每一条鳃小片的两侧又生出许多突起为鳃小片，能增大与水的接触面，提高气体交换效率，中间分布着大量的微血管，是血液与水环境进行气体交换的场所。此外还有的鱼类可以通过其他器官呼吸，如：皮肤（
弹涂鱼），肠管（泥鳅）及气囊（
肺鱼）等。
鱼是靠腮呼吸的，鱼腮上有许多毛细血管，毛细血管的管壁很薄，气体容易渗透进去。当鱼吸水时，水中的氧气就跟水一起从它们的嘴进去，当水经过鱼腮片时，水中的氧气就渗到鱼腮的毛细血管里。鱼身体里产生的
二氧化碳也从鱼腮片排到水中。鱼腮就这样起着呼吸作用。
