登场集数：
第1集：云霄飞车杀人事件
第54集：电玩公司杀人事件
第118集：浪花连续杀人事件★ *
第128集：黑衣组织十亿元抢劫事件（部分情节为动画原创）
第129集：来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★
第176集：与黑衣组织的再会（灰原篇）
第177集：与黑衣组织的再会（柯南篇）
第178集：与黑衣组织的再会（解决篇）
第230集：神秘的乘客（前篇）
第231神秘的乘客（后篇）
第272集：急忙掩饰的忽略（后篇）
第286集：工藤新一纽约事件（事件篇）
第288集：工藤新一纽约事件（解决篇）
第289集：光彦森林迷失记（前篇）*
第290集：光彦森林迷失记（后篇）*
第307集：遗留的无声证言（前篇）
第308集：遗留的无声证言（后篇）
第309集：与黑衣组织的接触（交涉篇）
第310集：与黑衣组织的接触（追迹篇）
第311集：与黑衣组织的接触（决死篇）
第338集：四辆保时捷（前篇）
第339集：四辆保时捷（后篇）
第340集：厕所里隐藏的秘密（前篇）
第341集：厕所里隐藏的秘密（后篇）
第345集：与黑衣组织的直面对决 满月之夜的双重谜案★
第425集：黑暗冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间★
第462集：黑衣组织的影子 年幼的目击者
第463集：黑衣组织的影子 奇妙的照明
第464集：黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
第465集：黑衣组织的影子 珍珠的流星
第484集：黑色照片的去向（前篇）
第485集：黑色照片的去向（后篇）
第491集：红与黑的碰撞 开端
第492集：红与黑的碰撞 血缘
第493集：红与黑的碰撞 绝叫
第494红与黑的碰撞 冥土
第495集：红与黑的碰撞 昏睡
第496集：红与黑的碰撞 侵入
第497集：红与黑的碰撞 觉醒
第498集：红与黑的碰撞 搅乱
第499集：红与黑的碰撞 伪装
第500集：红与黑的碰撞 遗言
第501集：红与黑的碰撞 嫌疑
第502集：红与黑的碰撞 洁白
第503集：红与黑的碰撞 决死
第504集：红与黑的碰撞 殉职
第563集：侦探团VS强盗团（骚动）
第564集：侦探团VS强盗团（沉默）
第578集：召唤危机的红色前兆
第579集：黑与13的暗示
第580集：逼近的黑色时刻
第581集：红色的摇摆目标
第667集：婚礼前夜（前篇）*
第668集：婚礼前夜（后篇）*
第671集：侦探们的夜想曲（案件）*
第672集：侦探们的夜想曲（绑架）*
第673集：侦探们的夜想曲（推理）*
第674集：侦探们的夜想曲（波本）
第681集：以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）*
第683集：以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）*
第699集：逼近灰原秘密的黑影（前篇）*
第700集：逼近灰原秘密的黑影（后篇）
第701集：漆黑的特快列车（发车）
组织简介：
组织的代表颜色为黑色，其成员都穿着“如乌鸦般漆黑”的衣服（宫野明美语）。除Boss外，主要成员都以酒名作为代号。作者青山刚昌称，有代号的成员基本属于同一级别。
内部似乎有非常严格的纪律，不合格的成员、暴露组织身份的成员和背叛组织的成员都会被很快铲除，做事绝对不会留下丝毫痕迹。
而且保密性极强，即使成员之间也未必互相认识（比如灰原哀就未曾听说过基尔等人）。
《名侦探柯南》中与黑衣组织有关的集数有第1、54、118、128、129、176、177、178、230、231、272、286、288、289、290、307、308、309、310、311、338、339、340、341、345、425、462、463、464、465、484、485、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500集。
电视动画片《名侦探柯南》改编自青山刚昌创作的同名漫画作品，由TMS Entertainment（原东京电影新社）负责动画制作，1996年1月8日在读卖电视台首播。
剧情介绍：
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织，他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南开始大显身手。
第一集：云霄飞车杀人事件
第五十四集：电玩公司杀人事件
第一百二十八集：黑衣组织十亿元抢劫事件
第一百二十九集：来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事
第一百七十六集：与黑衣组织的再会
第1集
会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害。
第54集
满天堂公司制作了“毛利小五郎 推理之馆”的游戏并由小五郎监制，同时邀请参加在米花饭店召开的新作发表会。热闹的会场突然发生爆炸，并且有人当场遇害，柯南亲眼目睹爆炸过程，且无意间发现追查已久的黑衣组织成员也涉案其中。满目疮痍的会场，烟雾弥漫，柯南能拨开迷雾查出真相吗？
第128集
小五郎他们去银行，柯南看到了抢劫运钞车的强盗，强盗逃走了。然后，在河边发现了逃走的车子。有疑问的柯南去了银行职员广田雅美的家。
第129集
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影……。那个组织的真面目到底是？然后，博士和会员和柯南去广田教授家拿软盘，可是。
第176集
柯南和小哀在放学的途中看到了和琴酒的车一样的车……！柯南在车上放了窃听器。车子的主人果然是琴酒。窃听器被琴酒发现后毁掉了。仅仅留下了在杯户城市酒店会有什么事发生的线索。
电影
2001 剧场版5：通往天国的倒计时（天国へのカウントダウン）2001/04/11 2009 剧场版13：漆黑的追迹者（漆�\の追迹者） 2009/04/18
54 电玩公司杀人事件 B
128 黑衣组织10亿元抢劫事件◆ B
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件★ B
176 与黑暗组织的再会（灰原篇） B
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） B
178 与黑暗组织的再会（解决篇） B
230 神秘的乘客（前篇） B/F
231 神秘的乘客（后篇） B/F
272 情急之下的应变之道（后篇） B/F
274 幽灵屋的真相（前篇） B
286 工藤新一纽约事件（事件篇） B/S
287 工藤新一纽约事件（推理篇） B/S
288 工藤新一纽约事件（解决篇） B/F/S
289 光彦森林迷失记（前篇） B
290 光彦森林迷失记（后篇） B
307 残留下来的无声证言（前篇） B
308 残留下来的无声证言（后篇） B/F
309 接触黑色组织（交涉篇） B/F
310 接触黑色组织（追踪篇） B
311 接触黑色组织（决死篇） B/F
339 四辆保时捷（后篇） B/F
340 厕所里隐藏的秘密（前篇） B
341 厕所里隐藏的秘密（后篇） B
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★ B/F/X
425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间★ B/F/C
462 黑暗组织的影子 小小的目击者 B/F/C
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬 B
465 黑暗组织的影子 珍珠流星 B
484 黑色照片的去向（前篇） B/X
485 黑色照片的去向（后篇） B/C
491 红与黑的碰撞 开端 B/F/C/X
492 红与黑的碰撞 血缘 B/F/C
493 红与黑的碰撞 绝叫 B/F/C
494 红与黑的碰撞 冥土 B/F/C
495 红与黑的碰撞 昏睡 B/F/C
496 红与黑的碰撞 侵入 B/F/C
497 红与黑的碰撞 觉醒 B/F/C
498 红与黑的碰撞 搅乱 B/F/C
499 红与黑的碰撞 伪装 B/F/C
500 红与黑的碰撞 遗言 B/F/C
501 红与黑的碰撞 嫌疑 B/F/C
502 红与黑的碰撞 洁白 B/F/C
503 红与黑的碰撞 决死 B/F/C
504 红与黑的碰撞 殉职 B/F/C
579 黑与13的暗示 B/F/C
580 逼近的黑色时刻 B/F/C
581 红色的摇摆目标 B/F/C
674 侦探们的夜想曲（波本）B
P.S 带“★”表示1小时以上的特别篇，带“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），B表示出现黑衣组织，F表示出现FBI，C表示出现CIA，S表示出现工藤新一，X表示出现服部平次，K表示出现怪盗基德。
