1、第一次怀疑（每月一件礼物胁迫事件）第7集
小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。小兰毫无疑问的怀疑柯南是否是新一，而柯南解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人，解除怀疑。
剧情简介：小川医生这两年来不断收到未署名的钱和玩具，实在是不知道来历，于是前往毛利侦探事务所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其实是中古品，而小兰也因此开始怀疑起柯南的身份。在前往小川医生工作的医院调查过程中看到柯南翻阅病例的小兰对柯南的怀疑也进一步加深。最终柯南在千钧一发之际成功解救了小川医生的孩子。而柯南也成功化解了小兰的怀疑。
2、第二次（走头无路的名侦探，连续两大杀人事件）第96集
柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。后来解除了怀疑。
剧情简介：九十九七惠通过妃英理的介绍来到毛利侦探事务所，她拜托小五郎帮她重新调查丈夫著名魔术师九十九元康的死因，一行人来到九十九家中，见到了元康的三个学生真田一三 、三好麻子和白地裕士，简单的照面之后，他们来到元康的死亡现场——地下室，柯南仔细进行现场勘查，发现了电话上一串奇怪的数字，期间，小兰对柯南起了疑心，而暗中观察他，但柯南毫无意识。
3、第三次（危命的复活）第188集
当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰耗不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原赶到解除了危机。
剧情简介：看着奄奄一息的柯南，步美建议大家自己想办法，三人按照石头上的文字推断出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。紧接着柯南被立刻送到医院进行治疗，又在小兰碰巧知道血型的情况下给他输了血，小兰最近的奇怪反应让柯南意识到自己的身份或许已经在小兰面前暴露，就在他打算向小兰坦白时，灰原拿枪对准柯南。
扩展资料：
剧场版——
在剧场版《世纪末的魔术师)》中，小兰对柯南的推理、动作、语言产生了极大的怀疑，最后，小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。后来小兰再次解除了怀疑。
剧情简介：罗曼诺夫王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗基德寄出“犯案预告信”准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。
在美术馆遇到了苏联大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而基德窃听到彩蛋被转移了。在疏於防备的情况下，基德成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了基德的行动，看还是晚了一步。基德在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。
最早一次，是出现在“每月一件礼物胁迫事件”中，露马脚的是当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人；第二次，应该是“走头无路的名侦探，连续两大杀人事件”里，露马脚的原因是柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。第三次应该就是“危命的复活”系列中，当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰耗不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。解决方法是，柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南最近一次，是“小兰的疑惑”中，发现新一的手机与柯南的手机一样，当小兰试图解开这个问题时，柯南用早已录好的新一声音的磁带给小兰打去电话，同时，柯南出现在小兰面前。
剧场版中，每一弹都有小兰把柯南看成新一的时候，尤其是第三弹(世纪末的魔术师)，小兰对柯南的推理、动作、语言产生了极大的怀疑，最后，小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。
所以小兰只是怀疑柯南是新一，并未识破，以下几集都是您要的：
007 每月一件礼物威胁事件
【这孩子的思维和行动方式太像大人了……】
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件
【长得太像了，柯南和小时候的新一太像了】
188 危命的复活 洞窟中的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
【小兰怀疑柯南了，而且知道他的血型；在灰原帮助下柯南再次变回了新一】
398 奇妙一家的委托(前篇)
399 奇妙一家的委托(后篇)
400 心存疑惑的兰
【小兰给新一发邮件，柯南的手机却响了起来……】
剧场版3 世纪末的魔术师
【小兰含泪：“柯南和新一不是同一个人吧？对不对？”】
新一变大的集数：
第一次变回去：
048~049 外交官杀人事件
突然有个关西名叫服部平次的人来到小五郎的事务所。这时正好有委托人上门。当大家到达委托人家时，主人辻村已经死了。服部平次收集了密室杀人的证据并据此推理。柯南因为感冒病重倒下了。服部平次用推理逼出凶手。虽然连凶手自己也承认了，突然有声音说?#20982;手不是他！敆?#35828;话的竟然是新一！新一指出了服部的推理错误，揭示真正的凶手
服用哀的半成品药变回去：
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
和阿笠博士去露营的少年侦探团们。柯南他们去拾柴，发现了一个山洞，进去一看碰到了正在搬运尸体的可疑男子。柯南被犯人的枪射中了。
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
把重伤的柯南背在背上的侦探团们根据洞里的暗号开始寻找出口。好容易找了出口后，犯人追了出来被正好赶来的目暮警官们带走了。柯南被迅速送到了医院。小兰确信了柯南就是新一。
190 危命的复活 第三个选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
191 危命的复活 黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
192 危命的复活 新一回来了
变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说马上回来奔向了案发现场。
193 危命的复活 约定的场所
新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。
还有剧场版《迷宫的十字路口》中，新一也变大了，冒充服部平次去救和叶
小兰第一次怀疑柯南是新一，结果博士用变声器新一的声音给兰打电话，而柯南在小兰身边；
096 走头无路的名侦探！连续两大杀人事件(特别篇)
因为兰发现了一张她和新一小时侯的照片,发现柯南和新一小时候长得一模一样,结果带他回到新一家门口取下了他的眼镜,后来有希子回来了，帮柯南解了围，说柯南是她亲戚的孩子；
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
这个6集的危命的复活系列都在怀疑，后来哀给新一制了临时解药，自己用口罩型变声器变成柯南；新一和“柯南”同时出现在小兰身边；
400心存疑惑的兰【动画原创】
兰把柯南的手机拿来想看有没有自己给新一发的短信，结果在之前新一就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，哀还故意发些短信到博士手机上让兰误以为那是新一的手机，新一为了拖时间上了密码，兰解了很久才解开的······
剧场版第3部<世纪末的魔术师>
因为柯南说了自己的生日在5月4日和新一一样,在洞中救兰时兰又感觉到新一,所以怀疑他是新一,问柯南的时候准备坦白了；结果基德为了感谢柯南救了他的鸽子，所以扮作新一，帮新一解除了兰的疑惑······
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不过LZ不用担心，到大结局的时候，黑暗组织被消灭后，小兰就会知道柯南就是新一，而那个时候，柯南肯定也恢复了工藤新一的身份。
小兰怀疑柯南的身份的事例确实很多，但每一次都被柯南瞒过去，所以小兰至今尚未将柯南与新一等同起来。具体举例如下：
1、Vol.3 File.7《来路不明的赠礼》～File.10《千钧一发》（总File.26～29）
即对应动画为TV 7《每月一件礼物威胁事件》
柯南看到的小川先生食指前端有类似线状的痕迹，推断他是外科医生，让小兰联想到了新一（“云霄飞车杀人事件”中的表现），接着便密切地观察着柯南，之后又套柯南的话。
柯南请阿笠博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人。
2、Vol.4 File.6《倒数十秒钟》～File.7《意外的藏宝图》（总File.36与37）
即TV 5《新干线列车爆炸事件》
柯南为了阻止列车爆炸，想告诉小兰真相。后被小兰追问，柯南辩称自己是假面超人。（TV 版进行了改动，最后由侦探团几人用玩笑话解围）
3、Vol.14 File.1《照片为证》～File.4《落叶缤纷中的质问》（总File.131～134）
即TV 96《走投无路的名侦探！连续两大杀人事件》
柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和魔术师九十九元康的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。
当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈（有希子）出现了，有希子帮柯南撒了谎，说柯南是自己的亲戚，使小兰信以为真了。最后有希子的一句：“当时那女孩笑的有些怪异。”，优作的“小看女人的人是要吃亏的！”话，暗示出小兰并不是真的相信柯南≠新一。
4、Vol.21 File.4《最初的招呼》（总File.204）
即TV 162《飞天密室 工藤新一最初的事件》
刚上飞机的柯南就睡着了，小兰为他摘下眼镜，并且看着柯南的脸时笑了，回想起了一年前和新一坐飞机时发生的案件，这也是新一独立解决的第一个案件。
这个细节隐藏比较深，细细品味的话，这时小兰已经怀疑（或者说确定）柯南身份了，看到柯南的脸回忆起新一的事情也就是很自然的了。（动画版中没出现这个情景）
Vol.23 File.8《这就是真相》（总File.229）
即TV 174《二十年的杀意 新佛尼号连续杀人事件》
小兰从相处中逐渐发现柯南就是新一，当时在甲板上说的：“不要丢下我一个人……”可以体现出来。（动画中这个画面被淡化了，不过之后经常回忆起）
Vol.25 File.1《不合群？》（总File.243）
即TV 172《复活的死亡讯息（前篇）》
当小兰和园子问柯南会不会滑冰时，柯南假装摔倒，小兰觉得很假；案发时，柯南听到园子的尖叫，很快地溜向了案发地点，看着柯南溜冰的模样，兰再次产生了疑惑。
Vol.25 File.9《负伤的侦探团》与File.11《确信》
Vol.26 File.1《迷茫的心》～ File.5《休息片刻》（总File.251～260）
即TV 188～193《危名的复活》系列★
小兰基本发现柯南就是新一。因而不愿与柯南一块洗澡，并且知道柯南血型与自己相同。灰原制造出解药，而自己假扮成柯南，让“柯南”和新一同时出现，打消了小兰的顾虑。
（这次前后跨度较长，包含整个起疑、疑惑加深、基本确定、疑惑解除的过程）
5、Vol.46 File.11《疑惑的邮件》
Vol.47 File.1《疑惑的推理》～File.4《解开锁定》（总File.479～483）
即TV 398～399《奇妙一家的委托》
TV 400《心存疑惑的小兰》
兰发短信给新一，但柯南的手机却在这时响了起来，看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。
在之前柯南就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，让兰研究博士的手机，然后再用新一的手机打电话给兰（放录音），同时让柯南出现在小兰面前，解决了兰的疑惑。
6、M 3《世纪末的魔术师》
因为柯南说了自己的生日在5月4日，让兰联想到了新一的生日也是5月4日，柯南在洞中救兰时，兰又感觉到了新一，所以怀疑他是新一。
当小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南准备告诉她真相时，基德装扮成新一的样子出现，为柯南解了围。
7、其余未确定的怀疑：
Vol.66 File.8《附身符夺回大作战》（总File.693）
即TV 573《难为情的护身符的去向（前篇）》
小兰怀疑新一有没有碰过平次的护身符，而碰过的应该是柯南，虽然和叶说平次在什么地方借过新一，不过小兰笑得很诧异的，感觉不相信和叶的解释的。
而小兰在潜意识中已经形成柯南一定能发现线索和犯人的印象。感觉小兰已经开始怀疑柯南的真实身份了。（可能是在为以后的剧情做铺垫）
M 15《沉默的15分钟》的情节不必我多说，也许这也是铺垫，但是因为剧场版之间，剧场版与原作之间基本是独立的，所以小兰发现的可能性不大。
另外在最新的漫画File.794《遗传信息》中，小兰说道：“DNA鉴定可是很厉害呢！以前通过唾液只能够验出血型，现在一下子就能知道是不是本人了！那么即使是乔装打扮骗过大家眼睛的人，也会立刻被拆穿了呢！”最后一句小兰是看着柯南说的，而且柯南变成豆豆眼，所以很多人都认为这句话很可能成为小兰开始怀疑柯南身份的暗示。
对于你所说的“危命的复活”系列中小兰为什么会怀疑柯南的身份，应该和之前剧集相联系，发现小兰其实在之前已经有怀疑的迹象了。
P.S.：345集里，小兰是怀疑茱蒂老师的身份，所以才会躲藏在她车子的后备箱中。这集中没有她怀疑柯南的情节出现。
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