一千年前，当欧亚大陆的工业文明发展到极致之际，人类拥有了极高的科技水平。而对原材料和能源的疯狂攫取和争夺，破坏了大地及大气层，地球满目疮夷……在上古文明使用终极武器发动的“七日之火”的战争中，世界到处布满了有毒物质，工业文明也随着城市的瓦解而相继崩溃，人类步入了衰微的微弱时代。“七日之火”后，世界上产生了新的生态系统，巨大的菌类森林迅速蔓延，占据了大部分人类生存的土地，森林靠着孢子繁殖，千年来不断地向外围扩展，森林散发出毒气，伴随着森林而成长的动物系统是巨大的硬壳昆虫类，菌类森林的主人是体形巨大得像小山一样的硬壳虫类“王虫”，人们对森林和虫类无能为力，敬畏地将其称作“腐海”，任其将土地吞噬，只有在未被腐海占领的土地上苟延残喘，不断适应与腐海共存。都市的崩溃带来了人类的文明倒退，此时世界上的政权有腐海南边的多鲁美奇亚王国与北面土鬼诸侯国，其间有腐海相隔，两国为了争夺日渐缩小的土地战事不断。风之谷，附属于多鲁美奇亚的自治国，是位于海边的一个不满五百人的城邦，靠着海风的吹拂免于孢子的侵袭，从而在这个末世得以生存下来，是少数几个幸免于腐海中的边境土地。本书主人公娜乌西卡就是风之谷的族长基尔的女儿。
第一卷
故事从娜乌西卡在风之谷周边的一次腐海之行开始。娜乌西卡在腐海中遇到了王虫的褪壳，王虫的壳质地坚硬，可以用来作各种用具。此时娜乌西卡发现了正在赶往风之谷的犹巴，犹巴是基尔的好友，也是娜乌西卡的剑术教师，有着“腐海第一剑客”的称号，因误激怒了一只王虫而被其追赶，娜乌西卡驾驶着单人飞行滑翔器接近王虫，用虫笛将其引回森林。师徒相见，娜乌西卡告诉犹巴多鲁美奇亚国王乌王的总动员令已下，各个城邦都要派出战力，由于基尔已经卧床不起，只能由自己代父出征。犹巴将途中捕获到的一只狐松鼠送给娜乌西卡，娜乌西卡顺利驯服了松鼠并为其取名迪多。
犹巴的到来给谷中带来了欢乐。犹巴和基尔长谈之时，娜乌西卡和谷中的老兵们正将从腐海带回的王虫眼壳镶嵌在炮艇的驾驶舱上，完成后娜乌西卡与老兵米特在谷周围试飞，却在腐海上空发现一艘被虫围攻的飞行货船，娜乌西卡用炮艇将飞船引导出腐海，但船体已经损坏，还是坠毁了。娜乌西卡在残骸中发现了奄奄一息的女孩，女孩告诉娜乌西卡她是邻邦培吉特市市长的女儿拉斯黛尔，培吉特市在乌王亲卫军的攻击之下已经毁灭，避难船为了躲避追击才开进腐海。临终之际，黛尔把一块工业零件一样的圆形物体交给娜乌西卡，说明培吉特市正是因为这块石头而被乌王攻击，托付娜乌西卡将其转交给她的哥哥阿斯贝鲁并千万不能落入乌王的手中。埋葬遇难者后。娜乌西卡火速返回谷中向基尔和犹巴说明了情况，见多识广的犹巴也不能辨认出石头为何物，但推断培吉特市建立在古代都市的遗址之上，有着专门开采古代物品的矿穴，这块石头想必是古代文明的遗物，培吉特市与风之谷一样是多鲁美奇亚附属下的自治城邦。乌王不惜毁灭盟友得到石头，其中必然蕴含着巨大的力量。
风之谷 这时，一艘乌王亲卫队的飞船尾随而至。飞船经过腐海会带来孢子，降落在谷中是十分危险的行为，风之谷是与多鲁美奇亚有约定的有自治权的独立城邦，通常的做法应将船降落在城邦外围，人员入城之前要经过火焰消除孢子。此时飞船却直接降落在谷内麦田中，这样周围的麦田就只能付之一炬，这是非常无礼的挑衅行为。基尔告诉娜乌西卡此次将是她成为族长之前的考验，让她谨慎处理此事。娜乌西卡发现随行而来的除了亲卫队的士兵，还有驯虫师夹杂其间。驯虫师是一支生存在腐海中的种族，他们驯服数种虫并依靠其在腐海中寻找宝藏，发现矿物等生存。由于在腐海中不能除下面罩和终日与虫相处，所以驯虫师们身上都散发出臭气，在整个社会中属于低下的种族。带领驯虫师侵入他国领土是对对方极不尊重的行为。亲卫队利用驯虫师只是为了用他们的虫寻找秘石。娜乌西卡让米特驾驶炮舰掩护，自己驾驶着滑翔翼先抢先拦住对方。两方对峙，娜乌西卡发现拉斯黛尔头上的饰品竟然出现在驯虫师背上的战利品中，知道了到驯虫师竟然挖出死者的尸体，更加坚定了不让乌王得到秘石的决心。此时驯虫师放出的虫已经嗅出了娜乌西卡身上的秘石，愤怒的娜乌西卡弹开虫子持剑相迎，对方的一名军官上前接战。此时犹巴带领众人赶到，犹巴告诫娜乌西卡不可让风之谷沦为战场，但已无法制止娜乌西卡的愤怒。数招之内，娜乌西卡已凭借着精湛的剑技与灵巧的移动刺伤对手，被愤怒支配的娜乌西卡已丧失理智，持剑欲给对方致命一击。此时犹巴为了阻止事态的进一步发展，迅速挡在两人中间，一手挡住了娜乌西卡的利剑，一手持匕首挟持住了对方的军官。看见犹巴的左臂的护甲已被自己的剑已经刺透，血已顺着剑流下来，娜乌西卡才猛然惊醒，双方的动作凝固了，双方的观战者们也被犹巴的气魄震住。以下是犹巴精彩的说服：“听好，这种决斗是没有尽头的。无论哪一方战败都会导致更多和仇恨，我倒要问一下亲卫军，乌王会下旨要你们破坏边境协定而引发内战吗？难道要让自古即缔结盟约而并肩作战的盟友自相残杀而挑起毫无意义的内斗吗？还是各位想因自己的疏失而选择死在边境之地令身后蒙羞呢？我会这么说，是因为边境全民一定会为了保卫自治权和自尊而奋战到底的。
环保主题及现实意义
在电影《风之谷》中，最突出的主题便是环保主题。女主角娜乌西卡在自己城堡的地下室中养殖了很多来自“腐海”的孢子，实验的结果证明了植物本身并不是有毒的，而是水源和土壤收到了污染。
此时的女主角已经隐约发现“腐海”形成的秘密了。后来，男主角阿斯贝鲁和女主角娜乌西卡又无意中发现在腐海的底层居然是一个没有污染、没有瘴气和有毒孢子的美丽森林，那里溪水清澈见底、大树安静而美丽、土地一层不染。
原来是那些树一直在过滤着人类遗留在土地中的毒素。腐海中的植物是被毒素污染了的。它们负贵吸收土地中的毒素，所以会生长出有毒的抱子。而腐海下面的大树们就在过滤着这些有毒的物质。然后当自己死去时就化为晶莹的无毒晶体，继续养育那些未长成的小树。大自然表面上用恐怖的瘴气和孢子一点点的蚕食着人类的生存地点以示惩罚，一面却默默的牺牲着自己来挽救被人类污染的地球，保护着环境。
而以带兵入侵风之谷的多鲁美吉亚公主夏尔娜为代表的人类却只是肤浅的看到自己的生存空间被“腐海”一点点吞噬，想要通过复活巨神兵来烧毁腐海下的森林以及消灭在腐海中生存的王虫，并没有去深刻的探究和思考过造成灾害的本质原因。
人类的自私和大自然的无私在这一刻形成了鲜明的对比，让人瞬间感受到自然的崇高和伟大，人类丑陋的自私心显得是那样的可笑与肤浅。
现实社会的启示
影片的环保主题，宫崎骏给了我们许多关于现实社会的启示。人类在初始阶段对自然怀着一颗敬畏之心，在“人类中心主义”观念的主宰下，人类以环境污染为代价获得文明进步和物质丰富。为了争夺生存权、主宰权，人类还不惜动用战争手段自相残杀。我们人类如果没有尊重生命、敬畏自然的态度，科学技术的发展、产业能力的提高，可能会走向人类希望的反面，伤害甚至毁灭人类自己。
科技的结晶是把双刃剑
《风之谷》就是以一种极端的形式演绎了可能导致的毁灭性后果：人类的文明倒退回原始状态，环境极度污染，人与虫争夺最后的生存空间，而这一切的罪魁祸首巨神兵，恰恰是先进科技的结晶和人类高度智慧的产物。巨神兵让人联想起曾经造成毁灭性灾难的核武器，在人类掌握的核武库足以毁灭地球数十次的今天，作者所描绘的末日可怖景象分明是对人类提出的有力警示。风之谷在作品中是唯一没有受到胞子毒气污染的村庄。这里唯一受到祝福的自然资源是风。整年不停息的风能产生出了“驾驭风的人”这样一个存在。人们通过对半自动飞机的驾驭在空中自由飞翔。作品这里提出了人类活动的科技含量需要存在有一个“度”的制约，在一定程度上科技的发展是可以被允许的。
和谐和仁爱主题
《风之谷》中另外一个突出的主题便是呼吁和平、心怀仁爱了。在电影情节中，女主角娜乌西卡为了抚平自己宠物的恐惧，即使被它咬上一口也不会生气或抱怨。她还努力化解人与人之间的矛盾。多鲁美奇亚人在库夏娜的率领下占领了风之谷，并杀死了娜乌西卡的父亲。娜乌西卡为了风之谷的人不在受到伤害，故而劝说乡亲们暂时服从占领者，甚至为了乡亲们的安全她甘愿做人质随库夏娜飞往培吉特。这表明娜乌西卡一直致力于化解人类内部的矛盾，希望人与人之间能够和谐相处。
在整个故事中，女主角无论是面对自己的族人、敌人还是来自腐海的昆虫，她始终都怀着一颗仁爱的心去对待他们，她不愿意看到杀戮和灾难威胁到身边任何生命。《风之谷》中的男主角阿斯贝鲁在飞机上猛烈扫射多鲁美奇亚人的飞机时，在看到女主角娜乌西卡坚强的护住飞机的那一刻起并没有继续扫射，而是停止进攻。说明男主角在攻击敌国的时候并不是冷血的屠杀，他并没有将阻拦自己进攻的人直接消灭，而是选择避让过去。这是人性本质存在有善良一面的体现。男女主角的行为正是动画大师宫崎骏所力求体现出的和谐以及平等对待一切生命的主张。
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