因为两个人加入了不同的阵营，基拉去了plant，而阿斯兰去了奥布，他们两个人都去帮助自己爱的人了，所以他们两个才分开。
《机动战士高达SEED DESTINY》是《机动战士高达SEED》的续集，描绘“高达SEED”两年后的世界。《高达SEED》主要设立在“非战”的主题之上，而《机动战士高达SEED DESTINY》则是描绘“为何会发生战争”这个主题。
本作于日本时间2004年10月9日至2005年10月1日下午六点在当地MBS、TBS系播放，逢周六播出。台湾版权由博英社取得，并于2005年10月8日起由中国电视公司在每周六播放。香港无线电视则译为《机动战士特种命运》，自2006年6月24日至2007年7月7日于无线电视翡翠台和AXN播放。
扩展资料：
主要角色：
1、阿斯兰·萨拉
第二次雅金·杜埃攻防战的英雄。拉克丝·克莱因的前婚约者。卡嘉莉的爱人。扎夫特前前任议长帕特里克·萨拉的独子。ZAFT曾经的王牌机师。在SEED-D里流亡奥布，化名“阿历克斯·迪诺”成为奥布新代表首长卡嘉莉的护卫。
在卡嘉莉与狄兰达尔秘密会谈时随卡嘉莉一起来到“军火库一号”，并与真等人认识。在阻止尤尼乌斯7下坠作战之后，在议长狄兰达尔的劝说下回到了ZAFT，并被授予“救世主高达”。
在与基拉对峙中因心中存在犹豫使“救世主高达”被自由高达击落。在目睹大天使号被ZAFT军攻击以及Freedom被Impulse击坠后，对狄兰达尔产生了很大的怀疑。被米娅告知自己被监视后，阿斯兰意识到狄兰达尔的意图，遂离开了逃离了ZAFT，回到了奥布。
之后再次与基拉并肩作战，驾驶ZGMF-X19A Infinite Justice Gundam，在决战中击败真驾驶的命运高达，并和穆一同摧毁了镇魂曲，再度保护了奥布。
2、基拉·大和
被称为最完美的调整者，自由高达的驾驶员，拉克丝的爱人。在雅金·杜埃攻防战后寄身于奥布，与拉克丝和母亲、导师和孤儿们过着宁静的生活。在暗杀拉克丝事件中再次坐上了自由高达。
听说卡嘉莉将与尤纳结婚后，为了阻止卡嘉莉的错误做法而劫走了卡嘉莉，与大天使号的同伴们再次出动。他驾驶的FREEDOM在战场上显示出压倒性的实力，被迪兰达尔议长视为心腹大患。
曾在用心保护大天使号脱离ZAFT军的追击时因被雷和真分析战术时认定不会攻击对手的驾驶舱而被真驾驶的脉冲高达击落。之后，他在太空中领取了Strike Freedom，保护了永恒号并支援了奥布保卫战。和阿斯兰联手击退了来袭的ZAFT军。
于决战中击毁“传说高达”，并最终见证了议长的最后之路。战后与真、阿斯兰约定一起为保护世界的和平而战，同时跟随拉克丝与其一起回到PLANT。
此时的分开是为了明天的重聚嘛，SEED D一开始两人不就走上了各自认为对的道路，但是最后自由与正义再次重聚成为改变世界的力量，反正SEED里不变的不就是自由与正义只要聚在一起就会成为决定世界命运的永恒。
总体上来说是因为妹子吧.
就算往深处一些说最多也就是说是一人一个立场,保持双方的平衡,来减小战争触发的几率而已
