现代U盘的主流文件系统格式有三种：FAT32、NTFS、exFAT。它们的区别如下：
1、磁盘分区容量区别
NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2TB（2048GB）。
FAT32支持分区的大小最大为32GB。
exFAT单个文件大小最大可达16EB。
2、安全方面区别
针对电脑用户对该格式下所有的文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。
FAT32文件安全设置：不支持
NTFS文件安全设置：支持
exFAT文件安全设置：不支持
3、磁盘配额的区别
针对一台电脑有多个用户使用时，而作为系统管理员，可以给用户设置不同的磁盘空间容量，被设置用户只能使用这个被限额的磁盘空间。
FAT32磁盘配额：不支持
NTFS磁盘配额：支持
exFAT磁盘配额：不支持
4、系统文件压缩的区别
针对磁盘分区中任意文件中右键属性，我们在高级属性窗口中可以设置给单个文件或整个文件夹压缩，压缩之后可以一定程度上节省占用磁盘空间的容量大小。
FAT32系统文件压缩：不支持
NTFS系统文件压缩：支持
exFAT系统文件压缩：不支持
扩展资料：
FAT32、NTFS、exFAT的优缺点：
1、FAT32文件系统优缺点:
优点：
突破了FAT对每一个分区的容量只有2GB的限制，可以支持大到2TB（2048G）的分区。在不超过8GB的分区容量下，每个簇的容量都固定为4KB，与FAT16相比，可以大大减少磁盘的浪费，提高磁盘利用率。
缺点：
用 FAT32格式分区的磁盘，由于文件分配表的扩大，运行速度比采用FAT16格式分区的磁盘要慢，且DOS系统和某些早期的应用软件不支持这种分区格式。
另外还有一个致命的缺点让FAT32逐渐被淘汰，这就是FAT32的单个文件最大只能支持4GB。现在已经进入高清时代，720P和1080P高清视频文 件都很容易超过4GB，因此FAT32已经走向没落。
2、NTFS文件系统优缺点:
优点：
NTFS分区具有极高的安全性和稳定性，在使用中不易产生文件碎片。
它能对用户的操作 进行记录，通过对用户权限进行非常严格的限制，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了系统与数据的安全。
另外对大部分用户而言，NTFS 最直观的优点是，单个文件的大小突破了FAT32的4GB的限制。
缺点：
NTFS虽然有诸多优点，但这些都是针对传统机械硬盘而设计的，对于新兴的Flash 闪存材料不一定适用。
NTFS分区是采用“日志式”的文件系统，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个 文件或目录，在NTFS系统上的读写次数就会比FAT32来得多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏，而且400MB以下的分区也比FAT16更浪费空间。
3、exFAT文件系统的优缺点：
优点：
分区大小和单文件大小最大可达16EB（16×1024×1024TB）；簇大小非 常灵活，最小0.5KB，最高达32MB；采用了剩余空间分配表，空间利用率更高；同一目录下最大文件数可达65536个；支持访问控制；支持 TFAT(WINCE早期文件系统)。
可以看出，ExFAT就是闪存专用的文件系统，只有U盘和存储卡才能格式化成exFAT，传统硬盘是无法格式化成 exFAT格式的，因为exFAT的特性其实并不比NTFS强，但却比NTFS及FAT32更适合闪存使用。
缺点：
exFAT作为一种全新的文件系统，在电脑上的兼容性却不太好，对于旧一点的系统，如XP默认都不支持exFAT，XP需升级至SP3补丁。当然微软也提供了exFAT的单独更新文件，Win7以上默认支持。
参考资料来源：
不同系统的格式化界面、选项不同，以windows7为例逐一讲解。
容量：通常只有一个选项，即分区最大容量。只有极少数情况会出现因文件系统或芯片驱动问题而需要手动减少容量的情况。
文件系统：此分区的“格式”。fat32最常见，通用，但不支持4g以上大文件。ntfs是windows系统通用的，和exfat一样支持4g大文件，但别的系统兼容性都不好。
分配单元大小：簇大小。单文件占用最小扇区数量。通常保持默认即可。小值适合存放大量小文档，大值适合存放少量大文件。
还原设备的默认值：将上面的1、2、3还原为默认。
卷标：分区名字。
快速格式化：创建新的文件表，但不会完全覆盖或擦除卷。快速格式化比普通格式化快，后者会完全擦除卷上现有的所有数据，适合销毁残留防恢复。
创建一个ms-dos启动盘：给格式化完的分区上加装MSDOS引导文件，使该软盘可以做为系统引导盘启动计算机。仅支持fat16等dos支持的文件系统，现已淘汰。
推荐于2017-09-19 · 知道合伙人数码行家
huanglenzhi
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ntfs是winnt系列操作系统的文件系统格式，原则上不支持dos，支持的文件更大
exfat一种适合于闪存的文件系统，为了解决FAT32等不支持4G及其更大的文件而推出。对于闪存，NTFS文件系统不适合使用，exFAT更为适用。
NTFS exFAT支持
exFAT理论上比NTFS 更加适合移动设备，使U盘有更长寿命
fat32单文件最大4G，单磁盘容量最大124.55GB。
exfat，fat32的扩展版本，支持4G以上单文件和125G以上分区，最早在window ce系统上使用
