Question

perl怎么从一个序列中截取不同位置的字符串，并保存成txt格式

文本名为1.txt，格式内容如下（>scaffold1为序列名）：>scaffold1 AACTTGGATTTGCAAACACAACATGCAACTGGAACACAGGAGTGATGGTTGCTGATAGCGGGCCTCTGTACACCTATGTAGATATTACATTACAAATCAGCTGTTTCCAGCTACAATAGTCATTTACACTATTTACAATGTCTAAAATGTATTTCTGATCAATCTGATGTTATTTTATGGACAAAAAAAAAAGCTTTTCTTTTGAAAACATGGAATTTTCTATGTGACCCCAAACTTTTGAATATATGTGTATATGTTAAAATAAAATGTTAAAATATTCAAAATATTCAAGAACAATACTCTTTTTACAACATGTTTTGTTATTATTAAGTATGCTGCAAAGAGTTGTGGCGCCCCCCTTTTTTTCGACATACTACTTTTGACCGTCTCGGCCACCGTAGCCACTTTCCAAATAACAACATTAGGTGGCTGCTGTACTCAGTGAAACTCTTATCGGTGTGCGAGCTGCGGCTTGCCTCA怎样截取序列中1000-2000、3000-5000、6000-8000或更多片段的序列，然后保存成2.txt文本文件结果形式如下：第一行为序列名；第二行为序列>1000-2000AAAAATTTTT....>3000-5000AATTGGGCC.......也可以不要序列名，按顺序换行区分开就行

网友给出如下脚本，但是执行时出现了问题，怎么解决啊？
#!usr/bin/perluse warnings;use strict;my $testFile="D:/test/data/1.txt"; ###路径自己改下open IN,"<$testFile" or die ;my %data=( '10' => 20,#######改成你想要的 '30' => 50, );my $line=<IN>;chomp $line;$line=<IN>;$line=~s/\s//g;foreach my $key (keys %data){ my $answer=substr ($line,$key,$data{$key}); print ">$key-$data{$key}\n$answer\n";}
结果如下：
C:\Perl\bin>C:\Perl\bin\cut-seq.pl
substr outside of string at C:\Perl\bin\cut-seq.pl line 15, <IN> line 2.
Use of uninitialized value $answer in concatenation (.) or string at C:\Perl\bin
\cut-seq.pl line 16, <IN> line 2.
>120-130

Answer 1

open F,"1.txt"; #画面上文件
open O,">2.txt"; #保存到2.txt
@array=<F>;
$count=0;
foreach (@array){
	s/\s+//g;
	if(/[A-Z]+/){@new=split(undef,$_);}
	foreach (@new){ $count++; 
	if($count>=10 and $count<=20){ push @new1, $_;}     #把10和20分别改成你要的范围，例如1000    2000，前提确保你的序列有那么长
	if($count>=30 and $count<=50){ push @new2, $_;}     #把20和40分别改                  3000    5000
	if($count>=60 and $count<=80){ push @new3, $_;}}    #把60和80分别改                   6000   8000
                 }
print O ">1000-2000\n";foreach(@new1){print O $_;} print O "\n";
print O ">3000-5000\n";foreach(@new2){print O $_;} print O "\n";
print O ">6000-8000\n";foreach(@new3){print O $_;}
	

追问

你忒强大了，佩服的五体投地！俺也想学，有没有perl教程或比较实用的联系可以推荐给给俺的？再次感谢！

追答

Sams teach yourself PERL in 24 hours
Beginning Perl for Bioinformatics
Beginning Perl(Wrox 2012)
Learning Perl 6th Edition
Programming Perl(4th)
Perl.5.By.Example
Perl Cookbook
基本上最有名的都在这里了，第一，第二本非常适合初学者。如果学习Perl是用来做生物的话，学习第二本就可以了。

Answer 2

我帮你解释下问题， substr超出范围，就是说你截取的长度超出了实际值，标量$answer没有初始化，最后提醒下不要写-,是_。

追问

为什么会超出范围呢，我的序列有20M个左右的字符啊？perl零基础啊，求修改后的脚本。不胜感激！

追答

建议你先看下你的文件，你的文件是否是这样fasta文件，如果是里面是这样的结构，例如
>scaffold ad13124
ATCGTGTCGDTGCT....
>scaffold ad13125
TTTTCTCNATC...
.....
我给你的的代码只是处理你例举的文件形式，而不是对上面我例举的，请先看好文件，不然无法写你想要的东西~

Answer 3

你不会perl，perl很简单，找个人稍微指导下一周搞定。
$string=fsdfsadfsafsaf;
@ch10=$string=~/(\S{10})/g;