Question

有谁可以详细讲述一下二代测序下机后数据分析流程和所用到的软件及程序？

Answer 1

不同的测序项目，数据分析流程及用到的软件有些差异，以转录组测序为例，项目分析流程为：数据产出统计-数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。用到的软件有SeqPrep、Sickle、Trinity、bowtie、RSEM、edgeR、BLAST、blast2go、blastx/blastp 2.2.24+、Samtools、VarScan v.2.2.7、
msatcommander、goatools、KOBAS。