Question

我有两个网站，都有jquery.min.js文件，合并到一个网站时应该怎么办。

Answer 1

如果版本相同，那就只用一个（这和你单个网站一样），如果是不同版本，如就得看它们之间的跨度是多久及你的页面的代码了。
因为有些代码可能不支持新版，这个你需要做测试，最简单的是直接把文件的版本直接改为最新，然后把功能或动作操作下，在IE或firebug里看有没有报错。

Answer 2

留一个版本高的就行。