两个人的关系从严格意义上来说是敌人，但是两个人曾经有合作过。
马超虽然最后投靠了刘备，但是在很早的时候是跟随自己的父亲马腾在西凉边境作乱的。我们看各种小说，马腾的艺术形象都被加工成一个非常老实并且忠心汉朝的形象了，其实马腾以前还联络过一些叛军，并且跟这些叛军合作，围攻东汉王朝的城镇。从这种意义上来说，他是贼兵叛乱之人。
董卓出生西凉，像他这样的武将，如果没有特殊的机遇，恐怕一辈子都在边疆守候，等待朝廷的发落，但是董卓不一样，董卓得到了一个非常好的机会，那就是，控制整个朝政，董卓他后来也就做到了。最开始的时候，董卓还没有成为相国的时候，他是在西北边疆镇压叛乱的，而那个时候西北的叛乱也和马腾有一些联系，虽然最开始并不是马腾弄得，但是他们有联系。
按照这个关系来说，马腾是贼，而董卓是兵，所以两者是敌对关系，势不两立。只不过后来发生了一些事情。董卓对抗联军失败，所以他只能仓皇出逃。而后也联系过马腾，等人互为盟友。不过董卓死的也很快，后来接替西凉军的两个将领，给了马腾一个正规的封号，想要拉拢马腾的心。
马腾这一辈结束之后，马超算是彻底洗白，他成为了三足鼎立之一蜀汉的将军，虽然刘备对他还是不放心，但是马超身份摆在那里，无人敢小觑。
这么说吧，这两人虽然都是来自于西凉的势力，但是呢，这两个人的关系应该说是，一时是敌人一时是盟友。怎么说呢，因为凉州是位于东汉西边的边境，是多民族的聚集地区，所以这就导致了各种势力盘踞在那边，使得管理上产生严重的阻碍。
经常会发生叛乱，在东汉中期的时候，凉州的羌族就曾经出现过几次的叛乱，而当时的政府也出兵进行了镇压，这种情况其实持续的时间大概有100多年，虽然最终的结果就是平定下来，但是死伤的人数很多。而当时董卓其实是站在政府这一边的，他当时还只是一个小兵，但是因为在平定叛军的战争中有功，所以加官进爵。而后面董卓，经历过几次的大起大落，最终还是在政府军中担任要职。
在公元187年，马腾也入伍当兵，而且也在平定乱党的战斗中表现出色，当时就被朝廷任命为偏将军。但是因为一些原因，后面导致了马腾和叛军这边的首领联合起来了，也就是说当时的，马腾加入了叛乱军这一边。所以造成的结果就是，董卓和马腾之间就从同事的关系变成了敌对的关系，综上所述，就知道董卓是政府军，马腾就是叛军在那面，这两人也曾经交手过几次。
但是在之后的发展，因为董卓掌握大权而迁都到了长安之后，由于两人存在着共同的利益关系，所以他们又达成了合作的关系又成了盟友，所以可以这样描述他们之间的关系，一开始他们是同在一个阵营中当兵，然后就变成了敌对的关系，后面又因为利益达成共识成了盟友的关系。
