Question

为什么反射光与折射光夹角为90时，两者都是偏振光，且偏振方向互相垂直？

Answer 1

这一现象是由布儒斯特角发现的，当入射角满足tgi=n1/n2时，都是偏振光且相互垂直。计算一下可以发现这个条件正好对应反射光与折射光夹角为90度

本质原因要从光的电磁学特性去解释
菲涅尔公式从麦克斯韦方程出发，用电磁场的边界条件解出光的各个振动分量在折射反射过程中随入射角度的关系。
也就是能算出任何入射角度下入射光和折射光是不是偏振光，偏振度多大。

布儒斯特角只是菲涅尔公式的一个特例。

Answer 2

你说的有问题！当“反射光与折射光夹角为90时”，“两者都是偏振光”不算错，但“且偏振方向互相垂直”的说法却是错误的！此时，只有反射光是线偏振光，而折射光仍如一般情况那样是部分偏振光——既含有与反射光的线偏振光垂直的线偏振光成分，也含有与反射光的线偏振光平行的线偏振光成分。参见：http://baike.baidu.com/view/51861.htm
至于原因须有大量的数学推导，参见：http://wenku.baidu.com/view/0aea1530ee06eff9aef80736.html（在11页处有直接的解释，前面大多是数学推演）