沪昆高铁芷江站中心里程为DK369+510,站房设于线位南侧,站坪坡度为平坡。本站设到发线2条,有效长650m;设450×9×1.25m侧式站台2座,在站中心处设旅客地道1座。在站同左位置设保养点,内设大型养路机械停留线、确认车停留线各1条。
车站两端咽喉区各设1组渡线组成“八字”渡线。车站距离沪昆既有线芷江西站较近,吸引客流条件很好,现状道路有几条通村的3.5m宽水泥路可以与站房连通,市政配套可以修建一条连接既有芷江西站和高速客站的通站道路,方便旅客。 车站位于山区,排水系统发达。可通过侧沟将水汇集,排到车站两端山沟中。