Question

您好，我想问一下实时荧光定量pcr的数据分析！

我有普通组，实验组1，实验组2，三个组，既要检测这三个组中每个组不同部位之间是否有差异，也要比较这三组中同一部位之间是否有差异，用2-△△ ct法算的话，应如何算？对于每组不同部位的比较的话，将其中一个处理为1进行比较吗？那对于三个组中的同一部位的比较的话，难道也要将其中一组处理为1吗？我不太清楚，看文献也没怎么看懂，希望大侠不吝赐教，谢谢！
各位路过的大侠呀，求求你好心帮帮我吧！我实在是没办法呀！跪谢呀

Answer 1

用2-△△ ct法算的话，应如何算？

假设检测A基因，CT分别为（这里记住CT越大，表明相对含量越低）
普通组/Test1：28
实验组1/Test2：29
实验组2/Test3：30
这时候要设对照了，假设Test1为对照组（普通组），当然是以普通组为对照
那么，相对含量为：
普通组/Test1：1
实验组1/Test2：2^-(28-29)=1/2=0.5
实验组2/Test3：2^-(28-30)=1/4=0.25

A基因在实验组1和实验组2中的表达量，分别下降2倍和4倍！

所以，就出来啦，结果

对于每组不同部位的比较的话，将其中一个处理为1进行比较吗？
如
实验组1
Testis
Brain
Liver
Muscle
可以把任何一个作为1，作为对照，但是要在figure 的legend中注明出来，说清楚就好了！

那对于三个组中的同一部位的比较的话，难道也要将其中一组处理为1吗？

是的，可以，如
Brain
普通组/Test1
实验组1/Test2
实验组2/Test3

就以普通组/Test1，为对照组，设为1，其他为相对含量，也要在figure 的legend中注明出来说清楚！

追问

可不可以不管组内还是组间，将其中一个处理为1，就拿我的这个实验而言，普通组是没有,加任何东西的，实验组1加了A物质，实验组2加了B物质，看心，肝，脾，肺，肾这5个组织的表达差异，我将普通组的心处理为1（即△△ ct=0），剩下的部位在算△△ ct时，都用各自算出的△ ct值减去普通组心的△ ct值，算出2-△△ ct，再用来统计分析看同一组中5个部位表达如何以及同一部位不同组表达如何？谢谢您

追答

可以啊，结果就是这个样子的！！！

You set the mRNA expression of gene X in heart as control!

Answer 2

Answer 3

这个很简单。你把普通组的某个部位的相对量设为1。其他的，不管是组内的，还是组间的，都用△△ct的方法算出相对量。再进行比较。基本概念就是设一个点为基点，其他的都是相对值。不要每比一次都设一个1。

追问

再麻烦您一下，就拿我的这个实验而言，普通组是没有添加任何东西的，实验组1添加了A物质，实验组2添加了B物质，看其心，肝，脾，肺，肾这5个组织的表达差异，如您所说的话，我将普通组的心处理为1（即△△ ct=0），剩下的部位在算△△ ct时，都用各自算出的△ ct值减去普通组心的△ ct值，算出2-△△ ct，再用来统计分析看同一组中5个部位表达如何以及同一部位不同组表达如何是吧？谢谢您的解答

追答

就是这个意思