《爱丽丝学园》结局是：枣将蜜柑以前给他的那片小爱丽丝石还给了蜜柑，蜜柑恢复记忆了，小莹和昂依然接受惩罚只有少数人记得小莹和昂，蜜柑记起小莹和她的友谊，所以枣、流架和蜜柑踏上了寻找小莹和昂的道路。
蜜柑被软禁在迷宫栋，只有数人能够接触她，这样过了4个月后圣诞节那晚志贵放松了结界蜜柑与枣相见，Kiss，并誓言永远相爱。初等部校长取回被柚香从自己复制人身上夺走的爱丽丝后力量逐渐强大，他控制了身为自己克隆人的“Z”的首领将组织完全掌握在手中。
更是打算让“Z”完全占领学园，另一边玲生被派到学园里，他真正的任务是暗杀初等部校长夺回“Z”的首领。玲生的演唱会上鸣海突然出现试图杀死初等部校长，却不想他抓到的是冒牌货，初等部校长想利用蜜柑，蜜柑却在房间里看见了野蔷薇的灵魂。
为了救野蔷薇蜜柑打破的约定来到外面，一场追杀就此开始。经过苦战小泉月用吸魂爱丽丝控制了初等部校长并向所有人承诺会一直监禁着初等部校长直到他死亡。Persona为了赎罪拼死守护蜜柑并在骚乱结束后离开了学园。
濒死的枣则被萤等人带走，今井萤和她和哥哥今井昴为了救枣穿越时空，被反噬于时空中。最重要的一点是蜜柑失去了她所有的爱丽丝，在完全失去爱丽丝后，被告知将离开学院并清除有关学院的所有记忆。蜜柑失去记忆后回到爷爷身边，当地就读高中二年级。
已和两年后的枣等人相见，重新吸收了送给枣的橙色的爱丽丝之石，并恢复了记忆。最后就是和初等部校长的大乱斗。枣为了干掉初等部校长结果身上的能力暴走耗尽，而蜜柑多次使用无效化能力也几乎耗尽。
在最后为了使枣暴走的力量无效化和救回枣，蜜柑的爱丽丝能力完全消失，变回了一个普通人。为了救回枣，小萤和野田老师决定回到过去，可是破坏历史（过去）是要付出严重的代价，蜜柑变回了一个普通人，已经没有资格继续留在爱丽丝学园。
为了蜜柑离开学园的平静生活，学园校长决定消去蜜柑在爱丽丝学园时的所有记忆，小萤最后还是决定牺牲自己救回枣，于是枣复活了，小萤则不知道消失在哪个时空里。失去记忆的17岁的蜜柑重遇爱丽丝学园的一帮人，在枣的帮助下恢复了记忆，最后蜜柑、枣、流架和野田老师踏上了寻找小萤的旅程。
扩展资料：
一、动画介绍
电视动画《爱丽丝学园》改编自日本漫画家樋口橘原作的同名漫画，由Group Tac制作，于2004年10月30日至2005年5月14日在NHK卫星第2频道首播，全27话（正篇26话+总集篇24.5）。动画内容改编至第5卷，第23话以后为原创剧情。
二、漫画介绍
《爱丽丝学园》（日语：学园アリス）是日本少女漫画家樋口橘所创作的漫画。该作品讲述拥有特殊能力爱丽丝的少女佐仓蜜柑和她同伴们的校园故事。2002年开始在《花与梦》上连载，于2013年完结。作品亦改编为同名电视动画。
参考资料：百度百科—爱丽丝学园动画
后来剧情语言一下：
蜜柑知道自己母亲的辛苦，决定继承母亲的脚步和Z组织一起推到初等部校长。高等部校长极力支持，中等部校长暗中支持，大伙一起力抗风纪队和初等部校长。枣的父亲和流架的家人一起在外边反抗，蜜柑的爷爷以普通人的身份散播学园的谣言，打算推到这个校园政治。一番轰轰烈烈的风雨过后，校园平静了，但是蜜柑他们可能会有两个选择：1.继续在学院生活 2.离开学院，但是还和学院有联系
学院从此不再有这些不规则的行为。虽然依然为政府的机构，依然只有爱丽丝能进入，依然不能让学生和家人太频繁见面，但是气氛中的紧张感已经张然无存。这就是所谓的happy ending.
【5年后】枣将蜜柑以前给他的那片小爱丽丝石还给蜜柑，蜜柑恢复记忆了【枣和蜜柑拥抱这一幕超感动的】，小莹和昂依然接受惩罚只有少数人记得小莹和昂，蜜柑记起小莹和她的友谊，所以枣、流架和蜜柑踏上找小莹和昂的道路（三个人奔向夕阳）
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超级感人的 虽然结局有点是开放式，但是我觉得这样的结局还是蛮好的，我个人可以接受
作者似乎打算再画个续篇，寻找小萤的。。。谁知到呢，结局已经足够完美了。顺带一提，野蔷薇和派鲁索那在一起了！还有了孩子！我整个人都震惊了。。。
全部是自己总结的，欢迎来询问其他人员动向~历时十一年的感动就此完结~
