1984年1月1日，铁道兵指挥部正式改名为铁道部工程指挥部，各师均改为铁道部工程局。所有移交并入铁道部的机关、部队和院校，都脱下了军装，降下了军旗。
铁道兵长期积累的近30亿固定资产和流动资金，绝大部分也随部队一并移交。
铁道兵善后领导小组在妥善安置了2500余名离退休干部，处理了许多历史遗留问题，整理编撰了大量铁道兵史料之后，于1986年12月底撤销。
铁道兵撤销时，许多部队举行了告别军旗仪式。
当军旗徐徐降落时，指战员们流着眼泪向军旗敬礼，向军旗告别，泣不成声，以至于驻地附近的地方干部和群众也被感动得落泪。
