Question

甲醛变性RNA琼脂糖凝胶电泳用什么染料染色？为什么我跑不出条带？

我做甲醛变性RNA电泳时没有条带，是没有染上色吗？我用的是Green View加到胶里来染色。同样的RNA样品，做普通的非变形的RNA电泳有条带且基本没有降解。第一次做变形RNA电泳，不知道哪里出了问题。我的操作过程基本参照分子克隆实验指南，除了没有用EB染色而是用了greenview。

Answer 1

greenview没用过，只用过EB。

我不在甲醛胶里加EB，好像那样背景比较高。我都是在变性RNA时在RNA loading buffer里加EB，胶上没什么背景。你先试一下看看吧。

追问

请问用EB染色时，RNA每个泳道的上样量需要多少？大概每个泳道上点多少的RNA跑出来的胶效果最好？

追答

通常每个泳道10微克，有时也用5微克。RNA少时条带会淡一些，我觉得10微克好。
样品缓冲液中的EB不要太多，有一点就行，不然背景会高，你摸索一下吧。