结局：尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统。
原因：史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥的大脑被烧毁直接死亡，而史密斯及其复制品也在源源不断的删除代码中得以删除。
扩展资料
《黑客帝国3》剧情简介
面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的
身体，回到“母体”和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获。
锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个“母体”的稳定。
在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，“母体”又面临着一次翻天覆地的“重载”。
幕后制作
创作背景
就商业影片来说，票房才是硬道理。《黑客帝国2：重装上阵》在全球票房飘红是《黑客帝国3：矩阵革命》得以制作的重要原由。
制作进程
尼奥与史密斯特工的颠峰对决是《矩阵革命》中的重头戏。为了拍摄这段场景，剧组耗费了8周时间，而之前的准备工作更长达数月。为了完成沃卓斯基兄弟的夸张想法，制作团队不得不又研发出新的技术装备。
片中的滂沱大雨气势逼人，有别于其他影片中的雨景，因为新装备可以让水不停循环和净化，而且制造的雨滴额外硕大。拍摄弹坑中的打斗和对话镜头是雨果·维文经受的最大挑战。
为了营造空中场景的失重感，特技和特效部门携手发明了一种名为“Tuning Forks”的装置，这是一种能让演员和特技人在打斗时模拟失重状态的特殊索具。这段场景是在被蓝屏包围的盒状布景“蛋箱”中拍摄，然后再在背景中加入虚拟场景。
片中使用的其他索具还包括由基努·李维斯的替身乍得·斯塔赫尔斯基（Chad Stahelski）发明的“翻转带”（Twisty Belt），可以让演员向任何方向翻滚；以及在剧组中口碑不佳的“翻江倒海索”，之所以取名为“翻江倒海”是因为这种模仿自由下落的装置经常让演员发生呕吐。
《矩阵革命》中的另一段违背重力的场景出现在“地狱俱乐部”的存衣处，翠妮蒂、墨菲斯以及守护天使进入了母体中的一个地下俱乐部面对悬赏捉拿他们的梅罗文加。
为了拍摄这段场景，摄影棚的天花板上安装了轨道系统，以让倒挂着的演员和特技人员确定移动方向。“翻转带”在这里再次起了作用，它帮助演员完成了很多特技打斗。
拍摄锡安遭受围困的那场戏时，剧组希望表现电子章鱼用触手抓住人类战士、蹂躏一番、然后扔出去的镜头，于是采用了一种名叫“Airbike”的液压装置。这种设备本来是用来在绿屏前模拟摩托车运行轨迹的。后来，特技人员给它起了绰号“PMS Machine”。
参考资料：百度百科-黑客帝国3
4、注入的不是能量，是删除程序，因为史密斯们被锁定了，所以机器以尼奥通道注入删除程序，让史密斯们自爆了。
下面我把第2问到第4问串联起来详细解释一下：
黑客帝国3中，尼奥最后到达机器城市，在和机器达成和平的协议时，机器问他：如果你失败了怎么办？
尼奥回答：我不会失败！
因为尼奥和史密斯是互相关联的程序。
尼奥从人类代码到救世主代码的释放，导致了史密斯程序的变异，也最终导致机器要将其删除和其脱离矩阵的控制。
但是史密斯可以复制自己，他复制了上万甚至上百万个自己，所以机器矩阵无法定位他，也无法摧毁他。
如果尼奥在矩阵中被杀，那么史密斯也会连带毁灭。
反之如果史密斯被杀，尼奥也会毁灭。
所以，在史密斯和尼奥的对决中，不管尼奥杀死史密斯，或者史密斯杀死尼奥，他们二者都会被摧毁。
而史密斯也预计到了这点，他依然用老办法，把尼奥复制成为自己，他认为这样就可以控制住尼奥。
可惜，他没有想到尼奥居然到达了机器城市，并且是由机器亲自接入了矩阵。
他复制了自己到尼奥的身上，也就给了机器定位并且清除他的最好机会。
所以，随着尼奥的自爆，无数史密斯随之也被消灭。
