总评
嘉靖帝在位45年，是明朝实际统治时间最长的皇帝。在他执政的前二十年中颇有作为，以不因循守旧的革新精神开创了中兴局面，他顺应历史潮流、敢于打破传统、体恤士农工商、有利社会发展的一面，还应当看到，他的时代的许多建筑，如北京的天地日月四坛，钟祥的明显陵、元佑宫等，至今仍显现着劳动人民艺术创造的风采，为文化的发展做出贡献；但在嘉靖二十一年之后日益腐化，朝政日坏，大礼议杖笞群臣、崇奉道教并祸及自身、寻兴大狱、误用佞臣、刚愎自用、局势动荡不堪。嘉靖帝是个极其聪明并且自信的皇帝，而且有些自大狂妄，但却十分小气，又喜欢乱花钱，也很要面子，能与之打交道的，也只有徐阶、严嵩这类的官场老手。
嘉靖帝执政的四十五年，是资本主义在中国萌芽的时期，“一般认为是一个经济非常活跃的、农业技术和生产发展的、纺织品和手工业生产大规模发展的时代。”
嘉靖帝和他父亲读圣贤书却是到了痴迷的程度，在历史上还是不多见。这也可与他在礼仪之争时的强硬态度联系起来，除了与前朝老臣争权的因素之外，嘉靖帝更在乎的是要为他敬爱的父母争名分，因此他不顾自己势单力薄，在群情汹涌之中，毅然要为自己父母争得更为尊荣的地位。嘉靖帝是个十足的孝子，但他逞一己的私孝而不顾天下公义，终究太小气太狭窄，有违宽阔浩荡的为君之道，后人说他是“中材之主”，似可认作确论。
后世的史家说嘉靖除了他自己和他父母，他没有爱过任何人。在四十五年的统治中，杀大臣杀言官，他毫不留情，连后宫中都到处弥漫着他的强横。嘉靖帝与儿子们的关系也说不上融洽，他一直到死都没有立太子。可以说在他父母去世后，嘉靖帝已经没有可以温馨相处的人。每逢节日和他父母的忌辰，嘉靖帝总要屏退众人，向父母的灵位长跪，流泪默祝，神情惨楚，让偷偷窥见的宫女也为之动容，也只在这时，刚强的皇帝才显出骨子里的些许温情与脆弱。
史书评价
《明史》赞曰：世宗御极之初，力除一切弊政，天下翕然称治。顾迭议大礼，舆论沸腾，幸臣假托，寻兴大狱。夫天性至情，君亲大义，追尊立庙，礼亦宜之；然升祔太庙，而跻于武宗之上，不已过乎！若其时纷纭多故，将疲于边，贼讧于内，而崇尚道教，享祀弗经，营建繁兴，府藏告匮，百余年富庶治平之业，因以渐替。虽剪剔权奸，威柄在御，要亦中材之主也矣。
《明世宗实录》：“神圣不世出之主”；“躬秉圣资， 出抚兴运， 铲奸剔蠹， 丕举王纲， 肇修人纪。立极建中，，肇修人纪。凡诸大政令之因革，大典礼之制作，咸稽谋于天，会通古今，经画自心，毅然独断，一洗俗吏牵迹，经生守文之陋。……君臣奔走以受成，万姓倾心而向化。卒之幽明协顺，中外敉宁，声教暨于交南，威灵于穷朔。盖举我太祖、成祖丕造之光烈，而觐扬之巍巍乎，盛矣！”
历代评价
史臣：“（世宗）晚年虽不御殿，而批决顾问，日无停晷。虽深居渊默，而张弛操纵，威柄不移。”
杨维桢：“世宗享国长久。本朝无两。礼乐文章烂焉具举。斋居数十年，图逦天下于掌上，中外俨然如临，真英主哉！始衷终则，新都（杨廷和），永嘉（张璁），华亭（徐阶）功大矣。吏治繁伪。兵政窳惰。民力虚耗，亦由是始。方之汉武帝。功不胜过焉。”
海瑞：“嘉靖，家家乾净”。
张居正：“正德年间， 政体紊乱。至世宗皇帝以聪明至圣入继大统，将以前弊政一切改正，以复我祖宗之旧，正今日所当遵守者。”；“世庙承正德群奸乱政之后，又用威以振之，恢皇纲，饬法纪，而国家神气为之再扬。”；“世宗禁革外戚封爵， 乃“超世之见，同符二祖，非近代帝王所能仿佛其万一者。”；“振耀前猷，茂恢令绪，德总百王，规摹万世。以永凝佑命，启昌期，曷有纪极!” ；“臣等窃以为我皇上当英妙之龄， 事事皆祗先猷， 宪章烈祖。则太祖定制与世祖圣谕， 正宜仰稽而效法者。”；“世祖天纵聪明，继统之后二十年间励精图治，孜孜问学，其英谟睿断，诚有非前代帝王所能及者。”；“乞敕下都察院，查照嘉靖初年所定宪纲事理，再加申饬，秉持公论，振扬风纪，以佐皇上明作励精之治，庶体统正，朝廷尊，而下有法守矣。”
谈迁：“厘革积习，诚雄主也”；“以严驭吏、以宽治民；以经术为师，以法律为辅；以严明修内治，以安静治边防。”
毛泽东：“炼丹修道，昏庸老朽，坐了四十几年天下，就是不办事”。
孟森：嘉靖迷信方术，用事之臣都靠迎合邀宠得幸，全国正直之士被压抑打击，官僚士大夫的风气、习尚就此大大恶变。士风败坏，一代政治也就没有希望了。
卜键：“嘉靖朝思想、文化走向繁荣，出现了大批杰出人物和优秀作品。世宗既有倡导引领之力，又有宽容和保护之功”；“家国牵羁，六趣牵缠，世宗的生命旅程因之错综芜杂，也因之增色减色，因之充满希望与失落，充满追求与幻灭，充满期待，也不乏惆怅。”；“要之，这是一位禀赋甚高的帝王，是一个学者化的皇帝，一个有责任心、敢担当的君主。世宗人品端正，才情卓著，只是多走了些人生和治国的弯路。”
毛佩琦：“实际上在我们看来，明世宗嘉靖皇帝在整个明朝17个皇帝中，他是应该有作为的皇帝，他上朝不久就发动了一个大礼仪。用现在的话可以说是政治运动吧，这个大礼仪把朝廷上下的官员全部牵扯进去了。”
当年明月：他是明代有史以来最为聪明的皇帝，在明代的十几位皇帝中间，如果要按智商水平排序，他至少在第三名，他的聪明，丝毫不比朱元璋差，而且非常狡猾，也善于控制大局；嘉靖白天是在潜心修道，晚上他在改奏章，这是他能控制群臣的关键。晚上改奏章直到凌晨五点，他才躺下睡一会儿，他决不放过任何一个控制群臣的机会。自古以来做皇帝的是有蠢人，但明代没有蠢皇帝，嘉靖修道是为了多活两年，因为他掌握了做皇帝的规律，没有人能动摇他，这是修道的根本。
王家范：“嘉靖帝相信方术到入迷的地步，以至走火入魔。”。“嘉靖修斋孤居而不忘独断朝纲，与其说是“无为”，不如说深得法家之刻薄阴狠，将帝制的专横发挥到了极致。”
陈宝国：“这个皇帝很有意思，他不穿龙袍，不上朝，但朝中所有的事情都知道，还牢牢把握着军权和兵权；我在戏里几乎没坐过龙椅，跟《汉武大帝》太不一样了，这个皇帝很另类。”
事实上朱厚熜能当上皇帝，与时任内笫赘ㄑ钔⒑偷闹С址植豢�V旌裾杖ナ篮螅��惺挛袷导噬弦崖湓谀诟蟠笱�垦钔⒑偷纳砩稀Q钔⒑陀肽诟笃渌�笱�可桃橛�⑿讼淄跏雷又旌駸小S捎谥旌駸性诘笔笔敲飨茏谥旒�钏锉仓心炅渥畲蟮模�涓感讼淄踔斓v杬与明孝宗朱佑樘是亲兄弟，因此按照伦序继承的原则，他的继位得到了所有大臣们的同意。朱厚照病逝后的第二天，太监谷大用、驸马都督崔元、内阁大学士梁储、定国公徐光祚、礼部尚书毛澄等人便出发赶赴安陆，迎接前来即位的朱厚熜。经过二十多天的紧张行程，来到钟祥的兴献王府，迎接新天子到北京登基。从此，明朝历史进入了嘉靖王朝。
为父争礼朱厚熜即位之初，在大臣的协助下，励精图治，废除了武宗时的弊政，诛杀了佞臣钱宁、江彬等人，使朝政为之一新。不过，朱厚熜是个孝子，登上皇位后，仍念念不忘家乡的父母。他是作为其大伯朱佑樘的继承人做皇帝的，而他的父亲只是个藩王，那么朱厚熜是称自己的父亲为“皇考”还是称大伯为“皇考”？
明世宗之父兴献帝显陵外景虽然“皇考”只是个称谓，但在朱厚熜心里却成了认不认父亲的问题。他深知，给自己父亲上封号阻力重重，然而不上封号，父亲永远只是个藩王，留在钟祥松林山的那个小小的藩王陵墓就会淹没在历史的风尘中。因此他一当上皇帝，就要求给自己父亲一个高贵的封号，但是这一要求却遭到群臣、特别是首辅大臣杨廷和的反对，不久以后就爆发了“议礼之争”。
早在朱厚熜由藩邸进京的时候，未即皇位的他就在迎接的礼仪上与朝臣们发生了争执，结果以朝臣的妥协告终。紧接着，他的生母进京，又发生了类似的事情，最后朝臣又做了让步。这两件事可以说是议礼之争的导火索。从主观上来讲，朱厚熜从外藩即皇帝位，对朝廷的旧臣并不十分信任，他不希望以过继给明孝宗朱佑樘当养子的身份来承继大统，于是要求追封自己的亲生父亲为皇帝，这一点似乎“有情可原”，但是这恰恰是标榜尊崇礼教的众大臣们无法同意的。
就在朱厚熜准备让步的时候，新科进士张璁站了出来，帮了他一个忙，写了一篇文章，为朱厚熜追封自己的父母找了许多理论依据，而且引经据典批驳了群臣的观点。朱厚熜看后深受鼓舞，张璁也得以加官进爵，成为议礼派的首领(当时反对的大臣们称为护礼派)。朝中由此出现了议礼派与护礼派的对立。由于有朱厚熜的支持，议礼派的队伍也在不断扩大，双方的斗争也日趋激烈。
嘉靖三年(1524年)七月，朱厚熜命去除“本生皇考恭穆献皇帝”中的“本生”二字，遂引发了反对皇帝过度尊崇亲生父亲的哭门事件。杨廷和的儿子杨慎对众臣说：“国家养士一百五十年，仗节死义，正在今日。”群臣于是跪伏于左顺门，大呼太祖高皇帝、孝宗皇帝。朱厚熜命太监传谕说：“尔等姑退！”但是，群臣到中午时分仍然伏地不起。于是，朱厚熜命锦衣卫将翰林学士丰熙等8人逮入诏狱。杨慎等人于是撼门大哭，一时“声震阙庭”。朱厚熜大怒，将五品以下官员马理等134人逮入诏狱拷讯，四品以上官员姑令待罪。之后，朱厚熜仍然余怒未息，又命人将杨慎、张原等纠集者实行廷杖。张原当时即被杖死，杨廷和等削职为民，杨慎等充戍边疆
明世宗是一个颇具争议的皇帝，有人说他英明神武堪比朱元璋，也有人说他昏庸无能，痴迷于炼丹。但是，不能否认，明世宗在他最初登基的几年确实是有所作为的，即便是后期常年痴于修道，他也并没有完全不理会朝政。
明世宗是个极其聪明并且自信的皇帝，能与之打交道的，也只有严嵩这类的官场老手。总而言之，明世宗不是一个好皇帝，却也不是个无能的昏君。朱厚熜是兴王朱祐杬的独子，幼时聪敏，兴王亲授书史，通《孝经》、《大学》及修身齐家治国之道，重礼节，遇事有主见。其母子入宫前与礼部已有两次争议。即位后，在如何尊崇其父母的问题上与礼部及众多朝臣又发生冲突，史称“大礼议”，经过两年多的争辩，最后以君权的高压结束，朱厚熜的意愿终于得以实现。这些事充分显露出了朱厚熜少年时即刚愎自用、专横暴虐的性格。
朱厚熜初承大统时，对国事尚有所作为，除采取了历代新君例行的大赦、蠲免、减贡、赈灾等措施外，还扭转了正统以来形成的内监擅权、败坏朝政的局面，并曾下令清理庄田，“不问皇亲势要，凡系冒滥请乞及额外多占者悉还之于民”等。但这种善政并没有保持多久，一年以后，即有“十渐”等奏疏出现。特别是经“壬寅宫变”幸得未死，他被吓得失魂落魄，躲在西苑，设醺炼丹，迷信几个道士的邪说，养生修道，二十余年不敢回大内，置朝政于不顾，使贪赃枉法的首辅严嵩横行乱政20年，形成北方蒙古侵扰不断，有识的官员不能为国出力，甚至惨遭屠戮。另在宫内外兴建大量宫殿庙宇，加重百姓的负担，使得国家财政危机愈益深重。
嘉靖四十五年(1566年)十二月十四日，朱厚熜卒于乾清宫，年60岁。谥钦天履道英毅圣神宣文广武洪仁大孝肃皇帝。庙号世宗。葬北京昌平永陵。
