1900年八国联军入侵,慈禧太后与光绪皇帝在离京西逃时路经天镇,落脚慈云寺。可能是“关北巨刹”给他们留下了深刻的印象吧,回到北京,他们派专人送来两块木匾。慈禧的题词是“英灵万古”,光绪帝的题词是“山河闲气”。
清代乾隆年间,有两位和尚——乐天、妙明,出家来到慈云寺。他俩见到毗卢殿内的藏经楼构造精巧,但是,300多年来空无所有,便多次向朝廷请求颁发经书。乾隆三十二年(1767年),经书终于获准被请到了慈云寺。这本经书是经藏、律藏、论藏组成的,统称为“三藏”,共8800余册。自此,慈云寺名声大振,香火愈盛。为了更好地保护珍贵文物,这套乾隆刻本的经藏已被移放到大同下华严寺内。