目前物流工程学院设有“物流工程”、“物流管理”、“工业工程(管理类)” 和“机械设计制造及自动化”四个本科专业。在学科建设方面,该学院设有“机械设计及理论”、“机械制造及其自动化”、“机械电子工程”、“物流技术及装备”、“物流管理”五个方面的硕士学位专业和博士学位专业。“机械设计及理论”学科为交通部重点学科,“物流技术”为“十五”“211”建设项目,机械制造及其自动化专业为国家级重点学科。其中机械制造及其自动化为国家级重点学科,有港口物流技术与装备教育部工程研究中心和港口装卸技术交通行业重点实验室作为科研支撑基地和高层次人才培养基地。