体内和体外寄生虫是龟类常患的疾病，其中在野生和进口品种中最为常见。寄生虫的大量繁殖会引起龟消瘦、贫血，甚至死亡。因此，一旦龟开始进食，就应该考虑寄生虫的治疗。
芬苯哒唑、甲硝哒唑是常用来除去体内寄生虫的良药，用量为50mg/kg，把它混入龟最喜爱吃的食物中，并放在干净无水的地方，以防药被水冲走，连续喂药三天，一个星期后再重复用药。龟类的体外寄生虫有的长达几厘米，也有小如蚂蚁的，故对刚来的龟要仔细检查。除去水蛭、蚂蟥等体外寄生虫，可用沾有酒精的棉花棒使它从龟身上脱落，再用漂白粉将它处理掉。
随龟粪便排出的寄生虫卵能存活一段时间，故在整个隔离期，须进行3次以上的粪便检验和体外寄生虫检查，防止再次复发。
