Question

求助保守序列查找，引物设计

最近老师给了一个基因，只知道名称，让我们自己摸索，设计引物，做克隆。菜鸟一只，完全不知怎么做，希望有前辈帮帮忙，给个指导，不胜感激！

Answer 1

如果：你研究的物种没有这个基因，就可以按下面步骤做。
1：把你的基因名称粘贴在NCBI的蛋白质数据库中，进行搜索（这个比核酸数据库更保守一些）

2：根据搜索到的结果，看下面列出的信息，有没有和你研究物种是近缘的（从分类上说的）
3：下载10-20条左右的氨基酸序列（片段长度最好差不多、下载最好分布多个近缘物种）
4：保存成FASTA格式，用MEGA软件（或其他可对比软件），进行比对
5：根据比对结果，找到保守序列（例如MEGA的显示是小星号，这个自己看一下软件就OK啦）
6：根据保守序列，按照简并引物设计原则，设计成对引物。（这个要学习一下如何从氨基酸翻译成核苷酸）
7：将序列给公司，进行合成。
8：回来，进行普通PCR扩增，如果有目的条带，则进行割胶回收，连接载体，克隆，测序
9：将测序结果进行BLASTX比对，看扩增的是否是你的基因，可用于全长扩增等后续实验
如果：你研究的物种有这个基因，就直接根据数据库中的序列设计引物就行啦。