南京农业大学图书馆的部门设置
馆领导办公室
负责全馆工作。
馆办公室
协助馆领导处理图书馆相关事务；负责校务信箱、读者投诉及物业公司的协调工作；承担图书馆日常事务、财务服务、统计与档案；对外联络与服务等工作。
读者服务部
协调分管领导，负责全馆图书馆藏的规划布局与管理；负责全馆图书借还流通 、图书借还问题的处理，借阅室日常管理与服务；新生入馆教育，读者离校手续的办理，研究生论文上传，各借阅室相关设备的管理服务等。
文献资源建设部
协助分管领导做好全馆（分馆）文献资源的规划、建设与订购工作；负责图书加工，图书财产登记，图书捐赠工作；了解各学科专业，及读者对文献资源的需求；建立完善、科学、合理、满足读者需求的馆藏文献资源体系。
参考咨询部
负责科技查新、文献检索、文献传递、馆际互借，参考咨询者、用户培训，学科服务；特色资源建设，全国农学文献中心，江苏省图工委专业委员会等工作；参与数字资源建设、馆藏资源利用评价等工作。
教育技术部
协助负责全校教育技术工作；负责多媒体声视频教学资源、学校精品课程的摄录、制作与服务工作；负责多媒体技术的收集、教学与培训；负责多媒体教学资源库的建设与维护，承担相关学会及江苏省党员干部远程培训基地建设，学校重大事务的摄像工作；承接有关声视频资源制作、声像光盘制作、多媒体课件制作等服务工作。
用户服务部
协助做好全校用户的网络信息服务工作；负责用户校园网与校内网络使用的支持、咨询，反馈与投诉等服务工作；负责用户使用校园网情况的调研、统计分析与对策，负责数据中心日常值班及日常事务的协调、通知公告发布等工作；完成其它信息工作。
信息应用部
协助做好全校信息化工作的规划与审批，建设与管理，以及单位、人员的相关协调、配合与管理工作；负责校数据中心的建设与管理，负责全校信息标准与信息管理规章制度的制订；负责学校各单位信息门户的开发与维护工作；完成其它信息工作。
网络运营部
协助负责全校网络建设规划管理与运行维护；做好网络信息安全与技术支持工作；负责全校网络设备的扎口管理工作；图书馆系统(汇文)与网络的管理和维护；电子资源建设管理维护；校园网病毒防控中心；完成其它信息工作。
