日本禅宗的禅宗派别
作为"武士的宗教"的日本禅宗，在当时主要以两大派别出现，即临济宗和曹洞宗。这两派又都在幕府武士中形成了自己的阵营，即临济宗主要和幕府上层武士关系密切，而曹洞宗则注重在地方上的发展，得到各地领主地头等中下武士的支持。当时流行的"临济将军，曹洞土民"是很能概括这一特征的。 临济宗的开山祖师荣西在宣传介绍禅宗时，受到天台宗僧人的攻击，因而他写下了《兴禅护国论》，强调"兴禅"可以"护国"，这就把禅宗与国家的关系紧密结合了起来，为此，得到了幕府将军源赖家的信奉和支持。源赖家不仅为他在京都建造了建仁寺，又请他到镰仓，开创了寿福寺。荣西在关西和关东传布禅宗，都是凭借了幕府的势力。
荣西以后的临济宗的发展，基本仍是循此路线，一些著名禅匠都与幕府上层关系密切，并积极在武士之间传授禅法。如"圣一国师"圆尔辨圆入宋从无准师范学禅，回过后，受到摄政九条道家的崇信，在京都特意为他创建了东福寺。此后，辨圆又应请为幕府的执权北条时赖和嵯峨上皇授菩萨戒，其禅法在朝廷与武士之间很有影响。又如禅僧兰溪道隆，就受到镰仓幕府的欢迎，掌权的北条时赖为他建造建长寺，闻风而来参禅者很多，影响深远。无学祖元也深受幕府的崇信，北条时宗为他建圆觉寺，他的禅法在武士间影响很大。另一位赴日的元代禅僧一山一宁，也受到北条贞时的尊崇，请他住持建长寺、圆觉寺，后又移住京都主南禅寺。如此等等，我们完全可以说，日本的临济宗在相当大的程度上是依靠镰仓幕府而兴起并逐渐发展的。
南北朝与室町时代，幕府将军独裁，武士专横，战乱频繁，社会动荡，民众困苦不堪。在佛教各派趋于沉寂的大背景下，禅宗却一家独盛，这与禅宗的休息方式有很大关系。在那动荡不安的时代，人心趋于淡泊，禅宗以明心见性为标榜，这符合一般人的心理，所以流行于社会各阶层。临济宗此时出了梦窗疏石和宗峰妙超两位大师。梦窗学问渊博，道誉隆高，深受室町幕府的开创者足利尊的敬仰，足利尊还皈依了他。另外，梦窗又受醍醐天皇尊重，诏入皇宫，特赐锦座，敕赐"国师"之号。作为"七朝帝师"的梦窗，周旋于朝廷与幕府之间，为调和其中的矛盾作了极大努力。梦窗门下弟子云集，活跃于室町时代所创立的"五山十刹寺"，形成"五山官刹禅派"。"五山十刹"之制本就是室町幕府足利义满制定的，所以当时的"五山禅僧"也就成为室町幕府政治中的重要工具，他们经常参与军政外交机要，为幕府起草政治外交文书，有的还作为国使出使邻国。这样的历史文化背景，自然有利于禅宗的兴盛。
即使在江户时代，禅宗已走向衰落，但临济宗仍与幕府关系密切，并由此得以维持。如江户初期的以心崇传，深受德川家康、德川秀忠两代幕府政权中枢的信赖和重用，除被请参与军政、外交机要以外，还被任命制定了如"寺院诸法度"、"禁中并公家诸法度"、"武家诸法度"等一系列德川政权确立期的重要法度。在他后来的大德寺派的泽庵宗彭，也得到将军德川家光的皈依，在当时宣传以禅为背景的武道哲学。 曹洞宗作为日本禅宗的另一大派别，也与幕府武士有着密切关系，但因宗风不同，所以主要在武士的中下层传布。
曹洞宗的开山祖师道元在初传曹洞禅法时，也曾受到朝廷与幕府的崇信，北条时赖闻其道誉，深表敬慕，请他到镰仓授菩萨大戒，并托道元的首座弟子元明将施舍永明寺土地的字据带回。但道元不喜好交结权贵，不近王臣，他对元明私自接受时赖的字据非常生气，将其赶出了山门。他自己则从不主动结交那些显贵，因为他所宣扬的"默照禅"，最基本的应是在僻静山林一心坐禅，"不顾万事，纯一辨道"。
道元之后，曹洞宗的又一位杰出僧人是莹山绍瑾。他在加强曹洞宗派的建设，制定曹洞清规等方面作出了很大贡献，使曹洞宗得到了很大发展。另外，绍瑾尤为重视禅的民众化，他改变了道元的只重视打坐的枯淡的禅风，对下层社会的教化作出了极大的努力，将禅普及于广大民众，从而得到地方各地领主地头等中下武士的支持。
绍瑾以后曹洞宗的发展，基本上仍是遵循了绍瑾的禅风，注重地方在扩展教线，充分吸收民间及其他宗教所盛行的一些祈祷仪礼、修法仪礼，这样使得布教方式更为简便，对一般的下层民众有着很大的吸引力。所以，到室町幕府时代，曹洞宗在全日本广泛流传。
即使最晚立宗的黄檗宗，因幕府政治已近尾声，日本禅宗的发展虽已过了它的黄金时期，但黄檗宗还是得到了德川幕府的支持。隐元赴日，先住长崎，声闻全日本，后应邀到外地传禅。他率弟子们来到江户，晋见了德川幕府家纲将军，计划筹建寺院。是年，以家纲为施主，以隐元为开山祖的京都宇治黄檗山万福寺正式建成。
