空印案与郭桓案中遭牵连诛杀数字可能是根据《明史·刑法志》而来。《刑法志》中提到郭桓案"系死者数万人"，又提到"二狱(空印案与郭桓案)所诛杀已过当。而胡惟庸、蓝玉两狱，株连死者且四万"。空印案跟郭桓案等三案所诛杀也在四万，所以一般皆认为应有七至八万人被杀。然而方孝孺在《叶郑传》提到，空印案发生时，"凡主印吏及署字有名者皆逮系御史狱。狱凡数百人。士利兄亦以河南时空印系狱中"。士利兄即为郑士原，曾任河南怀庆府同知，此时任湖广按察司佥事。
郑士原可能就是"行省言臣二十余辈"的其中一个。郑士利在案发之初就想上疏，但为了避免受人怀疑是为救其兄，所以一直等到郑士原出狱之后才敢上疏，就是为了替留在狱中的死囚申辩。在《叶郑传》文末提到郑士利失败，朱元璋还是"竟杀空印者"。其实如果是网传的数万人，按照当时的总人数的话，官位远比人多，就导致人员不足，无法正常地开展朝廷会议等等。首先一开始，朱元璋只是针对官吏的，对百姓们没有造成太大的威胁，只是关押杀戮一些贪官的，或者严厉地对待他们。
这对百姓来说是件好事，然后百姓的生活也变得越来越好。朱元璋这个人很讨厌专权，然后那时有个人叫胡惟庸，他多年受到朱元璋的宠爱，自己独揽丞相大权，有的时候，发生了一些事情也不向皇帝报告，还随便提拔人和处罚人，当时有很多人奔走于他的门下，送给他的金银财宝不计其数。朱元璋最恨的就是胡惟庸的专权，因为他专权，即使他没有罪，也要把他杀掉。丞相的权力太大，杀了胡惟庸，如果再立一个丞相，仍然不免要与皇帝分享权力。于是，朱元璋干脆一劳永逸地取消丞相制度，就不会再有丞相与皇帝分权了。所以朱元璋明知道有人冤枉也要处罚上千人是因为他不希望自己的权力被别人分割。
空印案”或许是冤案，但是利用空印以谋私的情况在明朝是普遍存在的，所以朱元璋此举是为了惩治徇私舞弊的现象，不只是针对此案！
