元朝在西藏设置了什么机构？
元朝在西藏设置了：宣政院。
宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司。元朝统一藏族地区后，扶植萨迦派建立地方政权，同时元朝在青藏高原设立了一系列的军政机构。
到元朝中期时，整个青藏高原被划分为三个行政区域：“朵思麻宣慰司”、“朵甘思宣慰使司”、“乌思藏宣慰司”，三道宣慰司管辖边疆少数民族地区的军政事务，隶属于宣政院，属地方行政机构。
宣政院历史评价
藏学学者陈庆英：宣政院是一个常设的中央管理机构，是元朝在中央政府中设置的掌管全国佛教事务以及藏族地区军民之政的特殊机构。由于职掌的特殊性，从用人、奏事等方面而言，它成为与中书省、枢密院、御史台并列的四大军政系统之一，这在元朝以前是没有过的。
中国藏学研究中心历史研究所所长张云：宣政院，以及它的前身总制院，上承唐代之旧，下启明清之新，在历代中央政府的治藏机构中，也是颇具特色的一个，值得深入研究。
宣政院。
宣政院，初名总制院，是中国元朝时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。
至元元年（1264年），元世祖忽必烈下诏设立总制院。到了至元二十五年（1288年），尚书省右丞相兼总制院使桑哥，认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请，根据中国唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使臣之例，而更名为宣政院。
从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
部门设置
宣政院，秩从一品，用三台银印。以帝师领院事。置院使二员(后增至十员)，其为长者常以朝廷大臣担任，位居第二者由帝师推荐僧人担任。宣政院官属得自选用，与中书省、枢密院、御史台并为元朝四个独立的任官系统。灭宋后，即置江南释教都总统。
《元史·百官志三》载：“至元二十五年（公元1288年），因唐制吐蕃来朝见於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二员，同知二员，副使二员，经历二员，都事四员，管勾一员，照磨一员”。院使由朝廷命官任领。吐蕃有事，另设分院往治。
宣政院的官员，僧俗并用，是元朝设立的一个特殊机构。它既是管理全国佛教的事务机关，又是直接统领吐蕃的政务和军事。
元明宗天历二年（1329年），罢功德使司归宣政院。设置院使10员，从一品，同知2员，正二品，副使2员，从二品。
宣政院的历史
元朝皇帝设置了宣政院，直接管理西藏地区军政要务。这一机构的人员选用，由皇帝决定，它的报告直接送给皇帝。掌握宣政院实权的是“院使”，一般由中央政府总理全国政务的右丞相兼领。
在西藏地区成立了地方军政机构，名为“宣慰使司都元帅府”，隶属于宣政院。宣慰使司下面还辖有管理民政的十三个万户府、千户所等。
所有机构和官职的名称都是元朝中央规定的。元朝在西藏驻有军队，并由一位王子及其后裔率军驻守西藏地区的东部边缘，逢西藏有事，即可就近入藏，以尽镇戍边疆的职责。1290年，一名万户长叛乱，元朝中央派遣这位王子率军入藏平息。
元朝中央派官员入藏，按照户口多寡，地形险易，出产丰啬，设立大小驿站，联成交通线，由西藏通往大都(今北京市)。
元朝中央还派官员在西藏进行人口调查，确定各万户属下可支应差役的人口数，决定沿驿路各地必须供给的力役、物资、运畜。1268年、1287年、1334年进行了三次人口调查。藏文史书《汉藏史集》中有关于这三次调查的详细记载。
以上内容参考
宣政院。
宣政院，初名总制院，是元朝统治中国时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。
至元元年（1264年），元世祖忽必烈下诏设立总制院。到了至元二十五年（1288年），尚书省右丞相兼总制院使桑哥，认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请，根据中国唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使臣之例，而更名为宣政院。
历史原因：
宣政院是元代设立的一个掌管全国佛教事宜和吐藩地区军政事务的中央机关。宣政院原名总制院，由元世祖忽必烈设立，后借唐朝皇帝曾在宣政殿接见吐藩使者的典故，改名为宣政院。
因蒙古人信奉藏传佛教，因此此院地位相当高。宣政院刚开始以国师八思巴为其长官，后来该职一般由朝廷大臣担任。宣政院官员为僧俗并用，其中设院使2人，后来又增至10人，秩均为从一品，另有几个正二品，从二品的官职。
宣政院官职任命不走吏部程序，而是自行任命，与中书省，枢密院，御史台并为元朝四个独立的任官系统。诸路，府，州，县置僧录司，僧正司，都钢司，为宣政院下属地方机构，负责管理各地佛寺，僧徒。总体而言，蒙古人设立宣政院有两个目的，一是掌管全国佛教，而是通过宗教与军政结合的方式控制同样信奉藏传佛教的吐藩地区。
