清朝在中央设置管理少数民族地区及外交事务的专门机构——理藩院，重点对边疆少数民族和宗教事务进行管理。康熙帝在追述设理藩院的用意时曾说：“太宗文皇帝时，蒙古部落尽来归附，设立理藩院，专管外藩事务”。随着清王朝成为全国政权，理藩院成为统管内、外蒙古、察哈尔、青海、西藏、新疆以及西南地区土司各少数民族事务的机关，同时还兼办部分与外国通商及外交事务。理藩院中还下设了一个特殊机构——喇嘛印务处，管理全国喇嘛教事务，这是清朝统治者担心喇嘛教势力无节制的发展对边疆安全与稳定的负面影响，于是运用强大的国家力量对宗教进行行政干预。
